+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j7q | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The active site mutant of human inorganic pyrophosphatase | ||||||
要素 | Inorganic pyrophosphatase | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / human inorganic pyrophosphatase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Pyrophosphate hydrolysis / inorganic diphosphatase / Cytosolic tRNA aminoacylation / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, F. / Zheng, S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The active site mutant of human inorganic pyrophosphatase 著者: Hu, F. / Zheng, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j7q.cif.gz | 69.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8j7q.ent.gz | 49.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j7q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8j7q_validation.pdf.gz | 427.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8j7q_full_validation.pdf.gz | 432.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8j7q_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8j7q_validation.cif.gz | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/8j7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/8j7q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32546.971 Da / 分子数: 1 / 変異: D116A/D118A/P119A/D121A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPA1, IOPPP, PP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15181, inorganic diphosphatase |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 20% PEG8000, 100 mM MES PH6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→19.08 Å / Num. obs: 39785 / % possible obs: 95.31 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.97 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.752 Å / Num. unique obs: 2248 / CC1/2: 0.0176 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→19.08 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 36.78 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→19.08 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|