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万見
- PDB-8j79: Bovine Xanthine Oxidoreductase Crystallized with oxypurinol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j79
タイトルBovine Xanthine Oxidoreductase Crystallized with oxypurinol
要素Xanthine dehydrogenase/oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / xanthine oxidoreductase / xanthine oxidase / xanthine dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine dehydrogenase complex / xanthine dehydrogenase / xanthine oxidase / xanthine oxidase activity / xanthine catabolic process / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...xanthine dehydrogenase complex / xanthine dehydrogenase / xanthine oxidase / xanthine oxidase activity / xanthine catabolic process / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / protein homodimerization activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Xanthine dehydrogenase, small subunit / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase ...Xanthine dehydrogenase, small subunit / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxypurinol / CARBONATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION / Chem-MTE / Xanthine dehydrogenase/oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Okamoto, K. / Sekine, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and Technology15H04702 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bovine Xanthine Oxidoreductase Crystallized with oxypurinol
著者: Okamoto, K. / Sekine, M.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthine dehydrogenase/oxidase
B: Xanthine dehydrogenase/oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,46426
ポリマ－293,9402
非ポリマー4,52424
水32,6971815
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14870 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area85540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.678, 123.470, 150.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Xanthine dehydrogenase/oxidase


分子量: 146970.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: XDH / 発現宿主: Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P80457, xanthine dehydrogenase, xanthine oxidase

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非ポリマー , 9種, 1839分子

#2: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2
#4: 化合物 ChemComp-MOS / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 161.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO2S
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-141 / Oxypurinol / Alloxanthine / オキシプリノ-ル


分子量: 152.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O2 / コメント: 阻害剤*YM
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: The enzyme solution was exchanged buffer into 50 mM Tris-HCl pH 7.4 and diluted with 50 mM Tris-HCl pH 7.4, 5 mM DTT, 100 micro M oxypurinol, and 30% glycerol to a concentration of 8.6 mg/ml. ...詳細: The enzyme solution was exchanged buffer into 50 mM Tris-HCl pH 7.4 and diluted with 50 mM Tris-HCl pH 7.4, 5 mM DTT, 100 micro M oxypurinol, and 30% glycerol to a concentration of 8.6 mg/ml. The precipitant solution contained 50 mM potassium phosphate pH 6.0, 5 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 100 micro M oxypurinol, 30% glycerol and 14%-15% PEG 4000. 10 micro L enzyme solution and 10 micro L reservoir solution were mixed on siliconized glass plates and kept in the dark at 20 C for 5 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→48.43 Å / Num. obs: 210046 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.99→2.11 Å / Num. unique obs: 33646 / CC1/2: 0.843

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→47.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.669 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19667 10629 5.1 %RANDOM
Rwork0.16346 ---
obs0.16515 199435 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.898 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→47.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19980 0 248 1815 22043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01320690
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01719231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.64928022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3811.57244710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.97552565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82322.177992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.276153521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.52915122
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0222971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3122.95410284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3122.95410283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0654.42112841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0654.42112842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0953.31410406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0953.31410407
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.544.8315174
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.80636.05923680
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.69735.59123172
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.036 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 805 -
Rwork0.241 14500 -
obs--98.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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