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万見
- PDB-8j70: Native SAND domain of protein SP140 with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j70
タイトルNative SAND domain of protein SP140 with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
  • Nuclear body protein SP140
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Nuclear body protein SP140 SAND / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / PML body / fibrillar center / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear body protein Sp140 / HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily ...Nuclear body protein Sp140 / HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
selenourea / DNA / DNA (> 10) / Nuclear body protein SP140
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Li, H.T. / Liu, W.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis for Speckled protein SP140 bivalent recognition of histone H3 and DNA.
著者: Li, H.T. / Liu, W.Q.
履歴
登録2023年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear body protein SP140
B: Nuclear body protein SP140
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7055
ポリマ－30,5824
非ポリマー1231
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, ITC results indicate that the binding ratio of SAND domain and dsDNA is 2:1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.629, 119.071, 64.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

SEY

21A-701-

SEY

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要素

#1: タンパク質 Nuclear body protein SP140 / Lymphoid-restricted homolog of Sp100 / LYSp100 / Nuclear autoantigen Sp-140 / Speckled 140 kDa


分子量: 11321.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SP140, LYSP100
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q13342
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量: 3969.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SEY / selenourea / セレノ尿素


分子量: 123.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2Se
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6% v/v Tacsimate pH 6.0, 22% w/v PEG 3350, 10 mM FeCl3

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 25564 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.307 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 312594
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.88120.69912580.9440.9850.2060.7290.467100
1.88-1.9212.60.65412560.960.990.1890.6820.47399.8
1.92-1.9512.60.50512670.9730.9930.1470.5270.497100
1.95-1.9912.10.51312400.9640.9910.1540.5360.947100
1.99-2.0412.40.36912700.9850.9960.1080.3850.551100
2.04-2.08130.29512860.9910.9980.0840.3070.577100
2.08-2.14130.26412470.9920.9980.0760.2750.625100
2.14-2.1912.80.21512610.9940.9990.0620.2240.683100
2.19-2.2612.50.17112780.9960.9990.050.1780.754100
2.26-2.339.60.22412440.9720.9930.080.2391.5198.4
2.33-2.41130.13312750.9950.9990.0380.1380.924100
2.41-2.5111.80.14812760.990.9970.0470.1551.39599.8
2.51-2.6312.10.11812580.9950.9990.0360.1241.28699.7
2.63-2.76120.08812870.9980.9990.0260.0921.307100
2.76-2.9412.60.08412910.9980.9990.0250.0881.86999.9
2.94-3.1612.80.06812740.99810.020.0711.864100
3.16-3.4811.60.06312970.99910.0190.0662.713100
3.48-3.9912.60.05513100.99910.0160.0572.57899.9
3.99-5.02120.0513190.99810.0150.0522.649100
5.02-5011.40.04813700.99810.0150.0512.58998.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→28.42 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1296 5.08 %
Rwork0.2005 --
obs0.2023 25505 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1379 486 4 104 1973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8772774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.859775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008268
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.920.33081540.26112587X-RAY DIFFRACTION98
1.92-2.010.26441420.24962650X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.120.25681340.21722666X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.250.28871670.21272668X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.420.30741240.2462662X-RAY DIFFRACTION99
2.42-2.670.27461280.2492697X-RAY DIFFRACTION100
2.67-3.050.24231290.22042730X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.840.23241580.18932726X-RAY DIFFRACTION100
3.84-28.420.19841600.17152823X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3508-1.9827-1.4412.7554-0.81014.680.10390.6705-0.4133-0.55870.11451.2396-0.3871-0.6583-0.12010.40570.1285-0.04430.61170.0610.4209-39.5118-7.19821.9306
22.9568-0.5326-1.09131.0502-0.08682.54720.21980.0811-0.0261-0.0295-0.174-0.0615-0.15620.1848-0.03610.2835-0.01960.01220.22270.00460.2989-30.9021-9.265912.258
33.0076-0.4428-4.21111.96571.26076.1196-0.3158-0.922-0.0971-0.00640.1063-0.30860.05830.78280.04770.27630.0202-0.05270.32830.00270.3514-29.9885-12.704819.5744
43.10510.2011-1.08731.7449-0.13441.99550.15120.3526-0.1202-0.1056-0.13390.07910.30310.3301-0.01750.19840.06860.01330.25550.01720.2611-24.1513-16.25096.6645
54.48520.8863-0.03725.7373-2.67388.6876-0.00020.98920.3651-1.2217-0.3621-0.32410.25550.04010.39510.52210.08950.04720.48140.10340.3411-27.934-8.5716-2.1192
61.1519-0.6651-0.39842.60952.07953.94420.13070.69060.669-0.1618-0.4911-0.6605-1.1310.44680.14740.4106-0.04570.07340.58280.21080.5124-24.7231-2.97052.7857
73.8177-2.18380.41061.6166-0.38732.25660.1334-0.47280.0656-0.12610.22520.2207-1.0644-0.362-0.24750.77540.13070.09510.37710.06530.424-20.7572-7.0598-22.6137
82.135-1.0878-0.01264.1517-0.02554.08030.270.7472-0.151-1.4014-0.34580.2081-0.6218-0.12620.07380.58910.1923-0.07480.44590.01690.3086-22.3348-15.0765-27.2632
92.4514-0.41340.20692.3386-0.30632.63260.16140.3631-0.0968-0.6617-0.1172-0.2997-0.00580.4859-0.03570.44980.16910.08940.4704-0.00230.3317-14.5106-20.2756-23.3265
102.1398-1.13370.84572.069-0.45493.69340.2188-0.29320.1168-0.3585-0.13520.5994-0.0452-0.2837-0.07030.46210.11720.02080.33540.0170.3895-24.9276-16.1942-15.3279
112.0869-1.2906-1.34994.5293-0.32173.71180.3016-0.13730.1382-0.0143-0.1045-0.48210.12120.2729-0.15290.27540.0748-0.05680.45460.02580.325-15.1847-21.4628-1.7193
124.1839-1.00321.12612.4543-0.77473.92990.3846-0.3949-0.0251-0.1842-0.2177-0.37130.12180.0056-0.11980.27850.07320.03530.4466-0.00230.3663-14.9134-21.8315-3.3212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 582 through 588 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 589 through 618 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 619 through 624 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 625 through 650 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 651 through 656 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 657 through 666 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 582 through 596 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 597 through 608 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 609 through 639 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 640 through 668 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 12 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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