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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j6y | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of class A beta-lactamase PSE-4 WT- Apo state | ||||||||||||
要素 | Beta-lactamase PSE-4 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Antimicrobial resistance / Beta-lactamase / pseudomonas aeruginosa / carbenicillinase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sarkar, M. / Bhattacharya, S. / Hazra, S. | ||||||||||||
資金援助 | インド, 3件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of class A beta-lactamase PSE-4 WT- Apo state 著者: Sarkar, M. / Bhattacharya, S. / Hazra, S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j6y.cif.gz | 116.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j6y.ent.gz | 86.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j6y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8j6y_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8j6y_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8j6y_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8j6y_validation.cif.gz | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31435.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pse4, carB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16897, beta-lactamase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 % / 解説: single crystal with diamond like shape |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0 PH範囲: 5.8 - 7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月16日 / 詳細: X ray Optics | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→27.226 Å / Num. obs: 11708 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 19.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 14.6 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→27.226 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 11.473 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.331 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.031 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→27.226 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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