+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j6w | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Full length crystal structure of Escherichia coli Fur | ||||||
![]() | Ferric uptake regulation protein | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / ferric uptake regulator | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of siderophore biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, F. / Wang, X. / Gu, L. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Full length crystal structure of Escherichia coli Fur 著者: Zhang, F. / Wang, X. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 28.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16823.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: fur, b0683, JW0669 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Potassium chloride,0.01M Magnesium chloride hexahydrate,0.05M MSA monohydrate,5%w/vPolyethylene glycol,pH=5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.66→32.38 Å / Num. obs: 5436 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 64.79 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 32.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.66→2.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 690 / CC1/2: 0.995 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.66→32.38 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|