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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j6o | ||||||
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タイトル | transport T2 | ||||||
要素 | Green fluorescent protein (Fragment),SID1 transmembrane family member 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / transport T2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleic acid transmembrane transporter activity / AP-1 adaptor complex binding / RNA transmembrane transporter activity / AP-2 adaptor complex binding / RNA transport / type B pancreatic cell development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / type B pancreatic cell proliferation / RNA catabolic process / bioluminescence ...nucleic acid transmembrane transporter activity / AP-1 adaptor complex binding / RNA transmembrane transporter activity / AP-2 adaptor complex binding / RNA transport / type B pancreatic cell development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / type B pancreatic cell proliferation / RNA catabolic process / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / response to glucose / cell morphogenesis / double-stranded RNA binding / glucose homeostasis / lysosome / lysosomal membrane / DNA binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, D.H. / Zhang, J.T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural insights into double-stranded RNA recognition and transport by SID-1. 著者: Jiangtao Zhang / Chunhua Zhan / Junping Fan / Dian Wu / Ruixue Zhang / Di Wu / Xinyao Chen / Ying Lu / Ming Li / Min Lin / Jianke Gong / Daohua Jiang / 要旨: RNA uptake by cells is critical for RNA-mediated gene interference (RNAi) and RNA-based therapeutics. In Caenorhabditis elegans, RNAi is systemic as a result of SID-1-mediated double-stranded RNA ...RNA uptake by cells is critical for RNA-mediated gene interference (RNAi) and RNA-based therapeutics. In Caenorhabditis elegans, RNAi is systemic as a result of SID-1-mediated double-stranded RNA (dsRNA) across cells. Despite the functional importance, the underlying mechanisms of dsRNA internalization by SID-1 remain elusive. Here we describe cryogenic electron microscopy structures of SID-1, SID-1-dsRNA complex and human SID-1 homologs SIDT1 and SIDT2, elucidating the structural basis of dsRNA recognition and import by SID-1. The homodimeric SID-1 homologs share conserved architecture, but only SID-1 possesses the molecular determinants within its extracellular domains for distinguishing dsRNA from single-stranded RNA and DNA. We show that the removal of the long intracellular loop between transmembrane helix 1 and 2 attenuates dsRNA uptake and systemic RNAi in vivo, suggesting a possible endocytic mechanism of SID-1-mediated dsRNA internalization. Our study provides mechanistic insights into dsRNA internalization by SID-1, which may facilitate the development of dsRNA applications based on SID-1. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j6o.cif.gz | 290.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j6o.ent.gz | 218.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j6o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8j6o_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8j6o_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8j6o_validation.xml.gz | 48.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8j6o_validation.cif.gz | 70.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 124883.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: gfp, SIDT2, CGI-40, PSEC0072, UNQ685/PRO1325 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: Q8NBJ9 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104974 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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