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Yorodumi- PDB-8j6g: Neutron structure of copper amine oxidase from Arthrobacter globi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8j6g | ||||||
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Title | Neutron structure of copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by phenylethylamine at pD 9.0 | ||||||
Components | Phenylethylamine oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / topaquinone | ||||||
Function / homology | Function and homology information primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arthrobacter globiformis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / NEUTRON DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.09 Å | ||||||
Authors | Murakawa, T. / Okajima, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2023 Title: Neutron Crystallography of a Semiquinone Radical Intermediate of Copper Amine Oxidase Reveals a Substrate-Assisted Conformational Change of the Peptidyl Quinone Cofactor Authors: Murakawa, T. / Kurihara, K. / Shoji, M. / Yano, N. / Kusaka, K. / Kawano, Y. / Suzuki, M. / Shigeta, Y. / Yano, T. / Adachi, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8j6g.cif.gz | 350.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8j6g.ent.gz | 288.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8j6g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8j6g_validation.pdf.gz | 447.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8j6g_full_validation.pdf.gz | 449.1 KB | Display | |
Data in XML | 8j6g_validation.xml.gz | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8j6g_validation.cif.gz | 32.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6g | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3wa2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 69014.852 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter globiformis (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P46881, primary-amine oxidase |
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#2: Chemical | ChemComp-CU / |
#3: Chemical | ChemComp-NA / |
#4: Chemical | ChemComp-PEA / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: microdialysis Details: 1.05 M potassium-sodium tartrate in 25 mM HEPES buffer, pH 7.4. |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Entry-ID: 8J6G
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Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Phase error: 19.85 / Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Starting model: 3WA2 / Stereochemistry target values: ML / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.09→44.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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