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- PDB-8j64: Crystal structure of Toxoplasma gondii MIC2-M2AP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j64
タイトルCrystal structure of Toxoplasma gondii MIC2-M2AP complex
要素
  • MIC2-associated protein
  • Micronemal protein MIC2
キーワードCELL INVASION / Toxoplasma gondii / MIC2 / M2AP / TSR6 domain / structural biology
機能・相同性
機能・相同性情報


: / MIC2-associated protein, central beta-domain / : / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain ...: / MIC2-associated protein, central beta-domain / : / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Micronemal protein MIC2 / MIC2-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, S. / Wang, F.F. / Zhang, D.J. / Song, G.J. / Springer, T.A.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171215 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural insights into MIC2 recognition by MIC2-associated protein in Toxoplasma gondii.
著者: Zhang, S. / Wang, F. / Zhang, D. / Liu, D. / Ding, W. / Springer, T.A. / Song, G.
履歴
登録2023年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MIC2-associated protein
B: Micronemal protein MIC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1132
ポリマ－26,1132
非ポリマー00
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.777, 53.176, 95.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 MIC2-associated protein / MIC2-associated protein M2AP


分子量: 19685.992 Da / 分子数: 1 / 変異: N127R, S177N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGRH88_039670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 / 参照: UniProt: Q967S9
#2: タンパク質 Micronemal protein MIC2 / Microneme protein MIC2


分子量: 6427.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGRH88_037170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 / 参照: UniProt: O00816
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% glycerol, 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→23.03 Å / Num. obs: 14640 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 12.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Mean I/σ(I) obs: 16.2 / Num. unique obs: 838 / CC1/2: 0.993 / Χ2: 0.92 / % possible all: 76.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootv1.0モデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→23.03 Å / SU ML: 0.141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.3216
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2114 767 5.25 %
Rwork0.1752 13836 -
obs0.177 14603 95.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1673 0 0 270 1943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021707
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51912315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2785229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.150.19841320.16642406X-RAY DIFFRACTION84.52
2.15-2.370.19241440.18062862X-RAY DIFFRACTION99.83
2.37-2.710.24021440.19522884X-RAY DIFFRACTION99.9
2.71-3.420.2191820.17812877X-RAY DIFFRACTION99.9
3.42-23.030.20551650.16342807X-RAY DIFFRACTION92.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44943570646-0.5327603227160.543013215480.7483636412-0.2837167396520.9885763016630.04146403671320.00814797555121-0.169203436622-0.01556566557740.01021329447320.07456177898050.116458306269-0.0375837478155-0.02763937141970.0516795364185-0.01310197013440.007710824901480.0476116710463-0.000826659941310.05834183865797.087688593694.8377885768114.1267369617
21.93939339251-0.3278150081360.6313765562832.22572763561-0.1949668233461.5143028241-0.0299834295736-0.12179512635-0.1034564250970.3272597007530.03766724344140.0313540280464-0.02564966989630.0215100318658-0.007131022335870.0971783297099-0.006659119091530.01570775247060.0432839271518-0.02003832850190.055610629572617.457482116614.721190181923.844249717
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A'AA44 - 2281 - 173
22chain 'B'BB596 - 6441 - 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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