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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j5v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of estZF172 as a novel biocatalyst for the efficient biosynthesis of a chiral intermediate of pregabalin | ||||||
要素 | Carboxylesterase | ||||||
キーワード | LYASE / Esterase/lipase Family VIII / Carboxylesterase | ||||||
機能・相同性 | Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Carboxylesterase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Chi, C.B. / Liang, Z.D. / Huo, B.Q. / Hu, C.X. / Sun, Q.Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of estZF172 as a novel biocatalyst for the efficient biosynthesis of a chiral intermediate of pregabalin 著者: Chi, C.B. / Liang, Z.D. / Huo, B.Q. / Hu, C.X. / Sun, Q.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j5v.cif.gz | 83.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j5v.ent.gz | 61.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8j5v_validation.pdf.gz | 421.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8j5v_full_validation.pdf.gz | 424.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8j5v_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8j5v_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j5v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44055.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: estC, WP8W18C01_39630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6S5TYM3 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.0 M Sodium formate, 0.1 M Tris-HCl pH7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18057 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.18057 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→46.38 Å / Num. obs: 23004 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.558 / Num. unique obs: 1769 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→44.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.816 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.898 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.05→44.97 Å
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拘束条件 |
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