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- PDB-8j5u: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis OppA complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j5u
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis OppA complexed with an endogenous oligopeptide
要素
  • Endogenous oligopeptide
  • Uncharacterized protein Rv1280c
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / OppA / Oligopeptide binding protein / Cluster C SBP / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / glutathione binding / protein import / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligopeptide-binding protein OppA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Yang, X. / Hu, T. / Zhang, B. / Rao, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200996 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171217 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: An oligopeptide permease, OppABCD, requires an iron-sulfur cluster domain for functionality.
著者: Xiaolin Yang / Tianyu Hu / Jingxi Liang / Zhiqi Xiong / Zhenli Lin / Yao Zhao / Xiaoting Zhou / Yan Gao / Shan Sun / Xiuna Yang / Luke W Guddat / Haitao Yang / Zihe Rao / Bing Zhang /
要旨: Oligopeptide permease, OppABCD, belongs to the type I ABC transporter family. Its role is to import oligopeptides into bacteria for nutrient uptake and to modulate the host immune response. OppABCD ...Oligopeptide permease, OppABCD, belongs to the type I ABC transporter family. Its role is to import oligopeptides into bacteria for nutrient uptake and to modulate the host immune response. OppABCD consists of a cluster C substrate-binding protein (SBP), OppA, membrane-spanning OppB and OppC subunits, and an ATPase, OppD, that contains two nucleotide-binding domains (NBDs). Here, using cryo-electron microscopy, we determined the high-resolution structures of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the resting state, oligopeptide-bound pre-translocation state, AMPPNP-bound pre-catalytic intermediate state and ATP-bound catalytic intermediate state. The structures show an assembly of a cluster C SBP with its ABC translocator and a functionally required [4Fe-4S] cluster-binding domain in OppD. Moreover, the ATP-bound OppABCD structure has an outward-occluded conformation, although no substrate was observed in the transmembrane cavity. Here, we reveal an oligopeptide recognition and translocation mechanism of OppABCD, which provides a perspective on how this and other type I ABC importers facilitate bulk substrate transfer across the lipid bilayer.
履歴
登録2023年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv1280c
B: Endogenous oligopeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5232
ポリマ－65,5232
非ポリマー00
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.643, 56.986, 101.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Rv1280c / Oligopeptide-binding protein OppA


分子量: 64609.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Author stated: The data collection statistics was calculated within the same resolution range as the refinement. The number of collected unique reflections was 39151. After anisotropic ...詳細: Author stated: The data collection statistics was calculated within the same resolution range as the refinement. The number of collected unique reflections was 39151. After anisotropic correction using the STARANISO server and refinement using PHENIX, the number of unique reflections was 29132.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: Rv1280c, MTCY50.02
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WGU5
#2: タンパク質・ペプチド Endogenous oligopeptide


分子量: 913.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 24% (w/v) polyethylene glycol 1500 (PEG1500), 200 mM L-proline.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 39151 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 10.51
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.98-2.031.06928530.8071.1631
2.03-2.090.88727720.870.961
2.09-2.150.74227410.9030.8021
2.15-2.220.60426580.9290.6541
2.22-2.290.49125800.9470.5331
2.29-2.370.43624740.9550.4731
2.37-2.460.35924260.9730.3881
2.46-2.560.29122910.980.3161
2.56-2.670.24822280.9850.2681
2.67-2.80.21121440.990.2271
2.8-2.950.15820140.9930.1711
2.95-3.130.12519210.9950.1361
3.13-3.350.10318010.9960.1121
3.35-3.620.07916820.9970.0861
3.62-3.960.06415420.9980.0691
3.96-4.430.05314120.9980.0571
4.43-5.120.05212410.9980.0561
5.12-6.270.05210690.9980.0571
6.27-8.860.0448270.9990.0471
8.86-500.0354750.9990.0381

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18_3845: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→48.88 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 2014 -
Rwork0.181 --
obs-29132 99.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→48.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4139 0 0 241 4380
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.03 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 --
Rwork0.1877 --
obs-947 34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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