PDB-8j5n: Crystal structure of a PETase variant V20 from Ideonella sakaiensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j5n

タイトル

Crystal structure of a PETase variant V20 from Ideonella sakaiensis

要素

Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

キーワード

HYDROLASE / plastic degradation / PET / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(ethylene terephthalate) hydrolase / acetylesterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / : / xenobiotic catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ideonella sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wei, H.L. / Gao, S.F. / Li, Q. / Liu, W.D. / Zhu, L.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a PETase variant V20 from Ideonella sakaiensis
著者: Wei, H.L. / Gao, S.F. / Li, Q. / Liu, W.D. / Zhu, L.L.

履歴

登録	2023年4月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j5n.cif.gz	110 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j5n.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j5n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j5n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xh3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

D: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

登録者が定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.279, 77.925, 125.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-365- HOH

#1: タンパク質	Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase / PET-digesting enzyme 分子量: 31374.971 Da / 分子数: 2 / 変異: V14E,L18P,R53Q,V84L,D186H,F201I,F209Y,N233K,R280E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア) 遺伝子: ISF6_4831 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase / PET-digesting enzyme

分子量: 31374.971 Da / 分子数: 2 / 変異: V14E,L18P,R53Q,V84L,D186H,F201I,F209Y,N233K,R280E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ideonella sakaiensis (バクテリア)
遺伝子: ISF6_4831
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.13 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 8% Tacsimate pH 5.0, 20% Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→48.81 Å / Num. obs: 32014 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 8.1 % / Num. unique obs: 4930 / CC_1/2: 0.745 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XH3

5xh3

解像度: 2→48.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 5.755 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27841	1585	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22557	-	-	-
obs	0.22813	31578	97.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→48.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3834	0	0	209	4043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.643	5354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.337	1.571	8230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.552	5	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.131	21.724	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.68	15	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.864	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.443	1.996	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.438	1.995	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.216	2.984	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.217	2.985	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.783	2.191	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.781	2.191	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.806	3.22	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.581	24.471	4438
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.582	24.467	4438
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	114	-
R_work	0.305	2173	-
obs	-	-	92.4 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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