PDB-8j5m: Structure of GH1 Br2 beta-glucosidase E350G mutant from bovine ru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j5m

タイトル

Structure of GH1 Br2 beta-glucosidase E350G mutant from bovine rumen metagenome

要素

Beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / GH1 /

metagenome (メタゲノミクス) /

beta-glucosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

scopolin beta-glucosidase activity /

beta-glucosidase /

beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.621 Å

データ登録者

Kaenying, W. / Kongsaeree, P.T. / Tagami, T.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: Heliyon / 年: 2023
タイトル: Structural and mutational analysis of glycoside hydrolase family 1 Br2 beta-glucosidase derived from bovine rumen metagenome.
著者: Kaenying, W. / Tagami, T. / Suwan, E. / Pitsanuwong, C. / Chomngam, S. / Okuyama, M. / Kongsaeree, P. / Kimura, A. / Kongsaeree, P.T.

履歴

登録	2023年4月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j5m.cif.gz	429.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j5m.ent.gz	335.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/8j5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j3mC 8j5lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucosidase

B: Beta-glucosidase

D: Beta-glucosidase

C: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.297, 113.605, 180.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	A	A	-6 - 445	14 - 465
2	1	1	LEU	LEU	B	B	-6 - 445	14 - 465
3	2	2	GLY	GLY	A	A	2 - 444	22 - 464
4	2	2	GLY	GLY	D	C	2 - 444	22 - 464
5	3	3	GLY	GLY	A	A	2 - 444	22 - 464
6	3	3	GLY	GLY	C	D	2 - 444	22 - 464
7	4	4	GLY	GLY	B	B	2 - 444	22 - 464
8	4	4	GLY	GLY	D	C	2 - 444	22 - 464
9	5	5	GLY	GLY	B	B	2 - 444	22 - 464
10	5	5	GLY	GLY	C	D	2 - 444	22 - 464
11	6	6	GLY	GLY	D	C	2 - 445	22 - 465
12	6	6	GLY	GLY	C	D	2 - 445	22 - 465

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Beta-glucosidase / 分子量: 53016.680 Da / 分子数: 4 / 変異: E350G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: bovine rumen metagenome / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: BG / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S5SJM8
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate pH 7.4, 1.6M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 271392 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.082 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.074 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 13.18
反射シェル	解像度: 1.62→1.72 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 42595 / CC_1/2: 0.745 / R_rim(I) all: 0.816 / R_sym value: 0.727 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.621→42.237 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.795 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1877	2001	0.7 %
R_work	0.1609	269390	-
all	0.161	-	-
obs	-	269390	99.17 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.012 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.802 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.242 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.621→42.237 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14459	0	201	2107	16767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	15097
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	13588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.381	1.635	20498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.435	1.58	31294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.656	5	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.514	23.023	817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.59	15	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.441	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	17256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	3128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	13364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	7523
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	6549
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.105	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.206	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.46	2.172	7203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.458	2.17	7196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.049	3.253	8996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.049	3.253	8997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.426	2.47	7894
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.426	2.47	7895
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.607	3.606	11502
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.607	3.606	11503
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.382	27.326	18713
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.381	27.329	18714
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.053	0.05	15925
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.07	0.05	15465
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.065	0.05	15491
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.074	0.05	15470
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.069	0.05	15502
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.072	0.05	15573

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05274	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05274	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06994	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06994	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06477	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06477	0.05009
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07376	0.05009
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07376	0.05009
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06924	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06924	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07155	0.05009
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07155	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.621-1.663	0.282	138	0.268	18626	0.268	20039	0.833	0.824	93.6374	0.248
1.663-1.708	0.262	140	0.246	19423	0.246	19564	0.848	0.862	99.9949	0.221
1.708-1.758	0.239	153	0.224	18890	0.224	19048	0.884	0.892	99.9737	0.195
1.758-1.812	0.237	121	0.211	18319	0.211	18442	0.894	0.91	99.9892	0.181
1.812-1.871	0.239	136	0.202	17776	0.202	17913	0.9	0.918	99.9944	0.171
1.871-1.937	0.215	134	0.187	17221	0.188	17377	0.933	0.939	99.8734	0.159
1.937-2.01	0.194	120	0.18	16609	0.181	16741	0.947	0.948	99.9283	0.153
2.01-2.092	0.196	109	0.17	15995	0.17	16137	0.952	0.956	99.7955	0.147
2.092-2.184	0.183	125	0.165	15380	0.165	15517	0.956	0.959	99.9227	0.144
2.184-2.291	0.176	111	0.153	14663	0.153	14812	0.961	0.965	99.7434	0.134
2.291-2.414	0.156	98	0.147	13996	0.147	14120	0.962	0.967	99.8159	0.131
2.414-2.56	0.174	105	0.144	13226	0.145	13356	0.965	0.969	99.8128	0.131
2.56-2.736	0.215	89	0.153	12455	0.154	12597	0.948	0.964	99.5793	0.143
2.736-2.954	0.162	87	0.157	11618	0.157	11754	0.962	0.963	99.5831	0.151
2.954-3.235	0.172	75	0.159	10719	0.159	10863	0.966	0.966	99.3648	0.159
3.235-3.614	0.205	77	0.152	9680	0.152	9862	0.947	0.965	98.9353	0.161
3.614-4.168	0.157	60	0.133	8547	0.133	8726	0.974	0.975	98.6363	0.15
4.168-5.092	0.156	56	0.124	7283	0.124	7452	0.982	0.983	98.4836	0.144
5.092-7.149	0.162	40	0.15	5696	0.151	5860	0.969	0.975	97.884	0.173
7.149-42.237	0.235	27	0.163	3268	0.163	3455	0.945	0.968	95.369	0.204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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