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万見
- PDB-8j5k: Structural insights into photosystem II supercomplex and trimeric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j5k
タイトルStructural insights into photosystem II supercomplex and trimeric FCP antennae of a centric diatom Cyclotella meneghiniana
要素
  • FCPII-G, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
  • FCPII-H1, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
  • FCPII-H2, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
  • FCPII-I, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
  • FCPII-J, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
  • FCPII-K, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
  • Psb34
  • PsbA
  • PsbB
  • PsbC
  • PsbD
  • PsbE
  • PsbF
  • PsbH
  • PsbI
  • PsbJ
  • PsbK
  • PsbL
  • PsbM
  • PsbO
  • PsbQ'
  • PsbT
  • PsbU
  • PsbV
  • PsbW
  • PsbX
  • PsbY
  • PsbZ
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PSII-FCPII supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-ET4 / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ...Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-ET4 / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD
類似検索 - 構成要素
生物種Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Shen, L.L. / Li, Z.H. / Shen, J.R. / Wang, W.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into photosystem II supercomplex and trimeric FCP antennae of a centric diatom Cyclotella meneghiniana.
著者: Songhao Zhao / Lili Shen / Xiaoyi Li / Qiushuang Tao / Zhenhua Li / Caizhe Xu / Cuicui Zhou / Yanyan Yang / Min Sang / Guangye Han / Long-Jiang Yu / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Diatoms are dominant marine algae and contribute around a quarter of global primary productivity, the success of which is largely attributed to their photosynthetic capacity aided by specific ...Diatoms are dominant marine algae and contribute around a quarter of global primary productivity, the success of which is largely attributed to their photosynthetic capacity aided by specific fucoxanthin chlorophyll-binding proteins (FCPs) to enhance the blue-green light absorption under water. We purified a photosystem II (PSII)-FCPII supercomplex and a trimeric FCP from Cyclotella meneghiniana (Cm) and solved their structures by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structures reveal detailed organizations of monomeric, dimeric and trimeric FCP antennae, as well as distinct assemblies of Lhcx6_1 and dimeric FCPII-H in PSII core. Each Cm-PSII-FCPII monomer contains an Lhcx6_1, an FCP heterodimer and other three FCP monomers, which form an efficient pigment network for harvesting energy. More diadinoxanthins and diatoxanthins are found in FCPs, which may function to quench excess energy. The trimeric FCP contains more chlorophylls c and fucoxanthins. These diversified FCPs and PSII-FCPII provide a structural basis for efficient light energy harvesting, transfer, and dissipation in C. meneghiniana.
履歴
登録2023年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PsbA
B: PsbB
C: PsbC
D: PsbD
E: PsbE
F: PsbF
H: PsbH
I: PsbI
J: PsbJ
K: PsbK
L: PsbL
M: PsbM
N: Psb34
O: PsbO
Q: PsbQ'
T: PsbT
U: PsbU
V: PsbV
W: PsbW
X: PsbX
Y: PsbY
Z: PsbZ
a: PsbA
b: PsbB
c: PsbC
d: PsbD
e: PsbE
f: PsbF
h: PsbH
i: PsbI
j: PsbJ
k: PsbK
l: PsbL
m: PsbM
n: Psb34
o: PsbO
q: PsbQ'
t: PsbT
u: PsbU
v: PsbV
w: PsbW
x: PsbX
y: PsbY
z: PsbZ
5: FCPII-G, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
7: FCPII-H2, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
6: FCPII-H1, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
p: FCPII-I, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
4: FCPII-K, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
3: FCPII-J, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
P: FCPII-I, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
9: FCPII-K, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
8: FCPII-J, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
0: FCPII-G, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
2: FCPII-H2, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
1: FCPII-H1, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,107,524392
ポリマ－837,46056
非ポリマー270,064336
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 17種, 34分子 AaBbCcDdEeHhOoQqUuVvZz507261pP...

#1: タンパク質 PsbA


分子量: 36951.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#2: タンパク質 PsbB


分子量: 53504.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#3: タンパク質 PsbC


分子量: 49357.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#4: タンパク質 PsbD


分子量: 37826.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#5: タンパク質 PsbE


分子量: 8687.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#7: タンパク質 PsbH


分子量: 7188.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#14: タンパク質 PsbO


分子量: 26749.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#15: タンパク質 PsbQ'


分子量: 16001.864 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#17: タンパク質 PsbU


分子量: 10010.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#18: タンパク質 PsbV


分子量: 14757.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#22: タンパク質 PsbZ


分子量: 6233.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#23: タンパク質 FCPII-G, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein


分子量: 18512.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#24: タンパク質 FCPII-H2, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein


分子量: 18251.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#25: タンパク質 FCPII-H1, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein


分子量: 18085.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#26: タンパク質 FCPII-I, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein


分子量: 23279.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#27: タンパク質 FCPII-K, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein


分子量: 13039.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#28: タンパク質 FCPII-J, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein


分子量: 17850.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)

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タンパク質・ペプチド , 11種, 22分子 FfIiJjKkLlMmNnTtWwXxYy

#6: タンパク質・ペプチド PsbF


分子量: 3555.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#8: タンパク質・ペプチド PsbI


分子量: 3940.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#9: タンパク質・ペプチド PsbJ


分子量: 3487.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#10: タンパク質・ペプチド PsbK


分子量: 4225.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#11: タンパク質・ペプチド PsbL


分子量: 4235.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#12: タンパク質・ペプチド PsbM


分子量: 4358.022 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#13: タンパク質・ペプチド Psb34


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#16: タンパク質・ペプチド PsbT


分子量: 3441.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#19: タンパク質・ペプチド PsbW


分子量: 5606.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#20: タンパク質・ペプチド PsbX


分子量: 3389.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
#21: タンパク質・ペプチド PsbY


分子量: 3634.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)

-
糖 , 1種, 8分子

#39: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 15種, 328分子

#29: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#31: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#34: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#37: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#38: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#40: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#41: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#42: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#43: 化合物 ChemComp-ET4 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Diatoxanthin / ジアトキサンチン


分子量: 566.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#44: 化合物
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cm-PSII-FCPII / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#28 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153326 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00475624
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.933106276
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.66412881
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04710228
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00713531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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