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- PDB-8j5j: The crystal structure of bat coronavirus RsYN04 RBD bound to the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j5j
タイトルThe crystal structure of bat coronavirus RsYN04 RBD bound to the antibody S43
要素
  • Spike protein S1
  • nano antibody S43
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Betacoronavirus sp. (ウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhao, R.C. / Niu, S. / Han, P. / Qi, J.X. / Gao, G.F. / Wang, Q.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82225021 中国
引用ジャーナル: Zool.Res. / 年: 2023
タイトル: Cross-species recognition of bat coronavirus RsYN04 and cross-reaction of SARS-CoV-2 antibodies against the virus.
著者: Zhao, R. / Niu, S. / Han, P. / Gao, Y. / Liu, D. / Luo, C. / Liu, H. / Liu, B. / Xu, Y. / Qi, J. / Chen, Z. / Shi, W. / Wu, L. / Gao, G.F. / Wang, Q.
履歴
登録2023年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
E: nano antibody S43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8453
ポリマ－40,6232
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.373, 68.373, 240.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 24849.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betacoronavirus sp. (ウイルス) / 発現宿主: Homo (哺乳類) / 参照: UniProt: A0A8F0ZU44
#2: 抗体 nano antibody S43


分子量: 15773.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→66 Å / Num. obs: 21699 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 43.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 3→3 Å / Rmerge(I) obs: 1.819 / Num. unique obs: 2255

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→27.55 Å / SU ML: 0.3464 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7088
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 2155 9.96 %
Rwork0.2272 19480 -
obs0.2275 21635 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→27.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2486 0 14 0 2500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00432567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76583487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7675916
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.311270.32471163X-RAY DIFFRACTION90.53
3.07-3.150.29611420.29571303X-RAY DIFFRACTION98.63
3.15-3.230.27351480.27981309X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.330.36831460.27031326X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.430.29951460.26621305X-RAY DIFFRACTION99.93
3.43-3.560.24441460.2571318X-RAY DIFFRACTION99.93
3.56-3.70.31121410.24911284X-RAY DIFFRACTION99.86
3.7-3.870.22051470.2161321X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.070.20681440.20011306X-RAY DIFFRACTION99.86
4.07-4.320.18391480.18591312X-RAY DIFFRACTION99.86
4.32-4.660.16431370.16561296X-RAY DIFFRACTION99.58
4.66-5.120.1841490.18381307X-RAY DIFFRACTION100
5.12-5.860.20141480.21011306X-RAY DIFFRACTION100
5.86-7.350.20151480.23511305X-RAY DIFFRACTION100
7.36-27.550.23331380.23661319X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.28767223657-0.730901112859-2.890525018616.286463205630.4900899502242.63265669775-0.07403084587730.625947753530.976220018845-0.6187375001150.508988324026-0.719381033994-0.914037947890.504293741756-0.3884197056090.584280046288-0.323055914028-0.03006705705580.5287016593320.09937288223960.408866570878-2.25355931835-0.330166574355-10.2198381396
23.929001711-0.707265117776-1.307337182015.96776199991-0.2923357976514.60389668698-0.01356813066670.2675224931540.283250894439-0.4490425639450.0364326518750.00767632215632-0.2315683590120.195898028154-0.01518565291210.277191729927-0.118686763553-0.05258785290530.2713096444040.06957343724990.149511894679-9.59362014679-7.28244148787-14.8726341729
33.186616602030.0523715229072.084916351736.133213476020.2549126392353.048076665910.1018530393810.0099994736288-0.420033348034-0.1115756360140.0627560978414-0.4567670964060.9155754818440.319680640612-0.09746345674760.4148701243550.01203223085320.01022815617970.2302609367780.0003176103920560.22249467625-5.75427961969-26.5876185553-11.0338039314
42.437423213741.23931984961-1.457507689142.28351078934-0.2879070474253.502851707470.673333638118-0.06946060548591.04520588795-0.253274314262-0.199660112263-0.127874698363-1.19062574078-0.0896562244486-0.444153577180.57393686588-0.127731734755-0.06081231637560.2814420000790.05376385108040.400676785709-11.12019493633.41091620085-7.56523954659
54.45922548986-1.161298002921.678646669893.56736080763-0.0143169164025.377113625130.2420799293590.154356423177-0.474858054381-1.02507204631-0.3352469032720.7908733755011.35222076915-0.1450804953740.05434978482590.643297924656-0.04477888603870.02207249969430.308059234128-0.04800038671980.273277234851-19.6647712824-5.61202981814-44.8101707888
65.05775537841.938724308792.642734489712.96341829526-3.29358843179.74264228603-0.193570110183-0.418369362186-0.920856754176-0.535959274117-0.2572577159331.128076460091.31576498808-1.120908303570.2201096494590.830028679062-0.200073168734-0.06104568948210.5732800836870.1599329851250.991148936938-28.3624236239-12.4960381799-28.5377138612
77.104290563760.642468991713-2.289378235157.2074691648-2.645312597318.06616455899-0.0471330567274-0.009767275999330.189796682651-0.6718121424420.109584267031-0.6753459018091.322636826420.5929502657430.04929064257310.695956034765-0.0044104643758-0.06202249313980.2798523054580.04701163494930.25689879158-10.9669824911-6.90662127667-35.446094341
84.77876498579-0.901823027325-3.511723947824.13603585071-2.383763018338.174181636110.0275459035916-0.1320514071350.273728518989-0.4071589875380.02936948332210.00141518956584-0.05517741457510.431224050740.1468823577750.513515454963-0.0940998136487-0.0961758189720.1622224550450.0281864220390.281932284561-16.77302462861.58263170816-30.6737305892
92.32889228005-3.015931008851.438602442065.61611430085-1.980832827297.201161110120.4737250756360.384054620544-0.159801710876-0.318737715767-0.3585803120030.5184406414120.268067633191-0.4801460274370.02316107178960.579668117169-0.0860963448898-0.095899294930.116408528171-0.08257086164250.345272654297-18.9923252744-1.60345406907-38.7186975681
102.62851321388-3.146662714320.554591461453.555353603580.01666867216067.47047386393-0.19230165278-0.0715680405155-0.125915236218-0.267968410934-0.454344440214-0.1011486457510.531918839376-0.3052714543870.06248610082850.473232213143-0.114232331831-0.02616803430110.2067736370490.03352888978360.371324072175-17.6208958216-2.52805188049-22.3603773593
112.02494551611-2.094205595840.6310694015022.79033470229-0.8874208161256.593548914910.2817699331790.222898501815-0.126267373294-0.986206315834-0.2245980632450.1795200093091.086144424310.5010167295040.05101475726380.735593116249-0.0299340626991-0.03123668553640.3509856054880.08740804846460.297052688394-12.2032305526-8.71837004682-38.5687361193
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 17 through 55 )AA17 - 551 - 39
22chain 'A' and (resid 56 through 129 )AA56 - 12940 - 113
33chain 'A' and (resid 130 through 184 )AA130 - 184114 - 168
44chain 'A' and (resid 185 through 208 )AA185 - 208169 - 192
55chain 'E' and (resid 21 through 42 )EC21 - 421 - 22
66chain 'E' and (resid 43 through 49 )EC43 - 4923 - 29
77chain 'E' and (resid 50 through 63 )EC50 - 6330 - 43
88chain 'E' and (resid 64 through 81 )EC64 - 8144 - 61
99chain 'E' and (resid 82 through 117 )EC82 - 11762 - 97
1010chain 'E' and (resid 118 through 128 )EC118 - 12898 - 108
1111chain 'E' and (resid 129 through 145 )EC129 - 145109 - 125

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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