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万見
- PDB-8j5a: Single-particle cryo-EM structure of mouse apoferritin at 1.19 An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j5a
タイトルSingle-particle cryo-EM structure of mouse apoferritin at 1.19 Angstrom resolution (Dataset A)
要素Ferritin heavy chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / single-particle cryo-EM / Cold field emission / CFEG / Apoferritin / CRYO ARM
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / Neutrophil degranulation / endocytic vesicle lumen / ferric iron binding / autophagosome ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / Neutrophil degranulation / endocytic vesicle lumen / ferric iron binding / autophagosome / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Kawakami, K. / Maki-Yonekura, S. / Hamaguchi, T. / Takaba, K. / Yonekura, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JPMJMI20G5 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JPMJCR18J2 日本
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Measurement of charges and chemical bonding in a cryo-EM structure.
著者: Saori Maki-Yonekura / Keisuke Kawakami / Kiyofumi Takaba / Tasuku Hamaguchi / Koji Yonekura /
要旨: Hydrogen bonding, bond polarity, and charges in protein molecules play critical roles in the stabilization of protein structures, as well as affecting their functions such as enzymatic catalysis, ...Hydrogen bonding, bond polarity, and charges in protein molecules play critical roles in the stabilization of protein structures, as well as affecting their functions such as enzymatic catalysis, electron transfer, and ligand binding. These effects can potentially be measured in Coulomb potentials using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). We here present charges and bond properties of hydrogen in a sub-1.2 Å resolution structure of a protein complex, apoferritin, by single-particle cryo-EM. A weighted difference map reveals positive densities for most hydrogen atoms in the core region of the complex, while negative densities around acidic amino-acid side chains are likely related to negative charges. The former positive densities identify the amino- and oxo-termini of asparagine and glutamine side chains. The latter observations were verified by spatial-resolution selection and a dose-dependent frame series. The average position of the hydrogen densities depends on the parent bonded-atom type, and this is validated by the estimated level of the standard uncertainties in the bond lengths.
履歴
登録2023年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1032
ポリマ－20,0801
非ポリマー231
水2,540141
1
A: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,46248
ポリマ－481,91024
非ポリマー55224
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation23
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: O (正8面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Ferritin heavy chain


分子量: 20079.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fth1, Fth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09528
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Apoferritin from Mus musculus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm
撮影電子線照射量: 36.47 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
8Coot0.9.6モデルフィッティング
10REFMAC5.8.0267モデル精密化
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 1.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2235864 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 1.19→126.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.801 / SU B: 0.528 / SU ML: 0.022 / ESU R: 0.007
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.24069 --
obs0.24069 2529386 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 15.683 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 1632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0170.0131542
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0110.0151381
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4951.6322123
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.861.5783187
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.7225214
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg38.11623.04982
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.28815254
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg19.938157
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0770.2200
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.021875
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.02379
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it0.8231.523769
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other0.8021.52767
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it1.3512.286984
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other1.3382.285984
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it1.5641.757773
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other1.5631.758774
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other2.5532.5591129
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined6.10533.8628721
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other6.04933.2218598
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.221 Å / Total num. of bins used: 20 /
反射数%反射
Rfree0 -
Rwork187647 -
obs-100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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