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- PDB-8j56: Crystal structure of the FlhDC complex from Cupriavidus necator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j56
タイトルCrystal structure of the FlhDC complex from Cupriavidus necator
要素
  • Flagellar transcriptional regulator FlhC
  • Flagellar transcriptional regulator FlhD
キーワードTRANSCRIPTION / FlhDC / flagellar master regulator / transcription factor / Cupriavidus necator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum assembly / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flagellar transcriptional activator FlhC / Flagellar transcriptional activator (FlhC) / Flagellar transcriptional activator FlhD / Flagellar transcriptional activator FlhD superfamily / Flagellar transcriptional activator (FlhD)
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar transcriptional regulator FlhC / Flagellar transcriptional regulator FlhD
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Cho, S.Y. / Oh, H.B. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00208153 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Hexameric structure of the flagellar master regulator FlhDC from Cupriavidus necator and its interaction with flagellar promoter DNA.
著者: Cho, S.Y. / Oh, H.B. / Yoon, S.I.
履歴
登録2023年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar transcriptional regulator FlhD
B: Flagellar transcriptional regulator FlhD
C: Flagellar transcriptional regulator FlhC
D: Flagellar transcriptional regulator FlhD
E: Flagellar transcriptional regulator FlhD
F: Flagellar transcriptional regulator FlhC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4228
ポリマ－94,2916
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14470 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.533, 124.533, 173.853
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERARGARG(chain 'A' and (resid 4 or (resid 5 and (name...AA4 - 1110 - 17
121VALVALGLNGLN(chain 'A' and (resid 4 or (resid 5 and (name...AA13 - 2219 - 28
131LEULEUPHEPHE(chain 'A' and (resid 4 or (resid 5 and (name...AA24 - 6730 - 73
211SERSERARGARG(chain 'D' and (resid 4 through 11 or resid 13...DD4 - 1110 - 17
221VALVALGLNGLN(chain 'D' and (resid 4 through 11 or resid 13...DD13 - 2219 - 28
231LEULEUPHEPHE(chain 'D' and (resid 4 through 11 or resid 13...DD24 - 6730 - 73
112SERSERGLNGLN(chain 'B' and (resid 3 through 11 or (resid 12...BB3 - 229 - 28
122LEULEUHISHIS(chain 'B' and (resid 3 through 11 or (resid 12...BB24 - 8030 - 86
132ASPASPPROPRO(chain 'B' and (resid 3 through 11 or (resid 12...BB86 - 10092 - 106
212SERSERGLNGLN(chain 'E' and ((resid 3 through 5 and (name N...EE3 - 229 - 28
222LEULEUHISHIS(chain 'E' and ((resid 3 through 5 and (name N...EE24 - 8030 - 86
232ASPASPPROPRO(chain 'E' and ((resid 3 through 5 and (name N...EE86 - 10092 - 106
113SERSERPROPRO(chain 'C' and (resid 23 through 79 or (resid 80...CC23 - 18023 - 180
213SERSERPROPRO(chain 'F' and (resid 23 through 71 or (resid 72...FF23 - 18023 - 180

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質
Flagellar transcriptional regulator FlhD


分子量: 12380.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
遺伝子: flhD, FHX61_004144 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7W4VD94
#2: タンパク質 Flagellar transcriptional regulator FlhC


分子量: 22384.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
遺伝子: flhC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7T4G0G8
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 8000, magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 20112 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 989 / CC1/2: 0.358 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→29.91 Å / SU ML: 0.5178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8515
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 949 4.73 %
Rwork0.22 19123 -
obs0.2219 20072 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4863 0 0 0 4863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00364938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57846716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0378821
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5792956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.690.37391200.32332666X-RAY DIFFRACTION98.34
3.69-3.920.31761280.30112681X-RAY DIFFRACTION99.93
3.92-4.220.26631140.25322723X-RAY DIFFRACTION99.93
4.22-4.640.28211430.22152717X-RAY DIFFRACTION99.97
4.64-5.310.24931400.22726X-RAY DIFFRACTION100
5.31-6.680.2361550.21052744X-RAY DIFFRACTION100
6.68-29.910.2271490.17172866X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.75070888949-3.46369026378-3.519926765723.268517772951.989373868617.971780814520.1855129658571.26643037059-0.70173772984-0.851813544822-0.2636922723351.124134554870.299909665537-1.549427131970.1388233829260.558823798217-0.0578947479984-0.1276105537950.7568500451120.1250518352160.7932549652780.9358162245113.5134577792.5083589508
22.39648509226-2.78068027727-1.339356563697.85238114825.532772246444.270845809750.137791462893-0.241629572171.7264110656-0.2119623929560.624683734695-1.83135444138-0.371880296554-1.0079894827-0.319005164430.8959591066420.208559583304-0.07917552307161.175813328630.02065297918530.13136321134880.8178286089128.1006657829.98317457376
36.23701814283-1.871928407731.596474043055.99234423226-0.6255863801892.57963151330.2133515948690.67712171953-1.50228522044-0.1743418851180.008635738797290.78898716545-0.3584577013520.03063569372420.07440193583090.6489238934180.003836310093630.2337463160040.434982659580.2199482512670.30176255323486.6416140492116.6343010150.632246465709
43.849816338960.07892486945991.554643336496.35254444188-0.4071625546960.4494973804040.216658248427-1.47479238663-3.02024461475-0.104060277410.1280980482511.74300096540.987150050639-0.293649206268-0.3309028577040.6616243938670.255636641246-0.001836709889910.880387173730.4401621868291.0796734057780.6230856947108.81719105111.0378139474
53.766950076031.479129602050.4761088168192.65430913117-1.999206399582.37538923172-0.55038600543-1.35221063603-2.20661326493-0.763106263288-0.119248741877-1.555956642311.004924649730.332522673906-0.06082469508320.729383429941-0.05541899525130.1635686684130.5785312151890.1790593625071.2712673237898.2164856252105.5207319076.87497681774
65.62747309485.01542444385-4.285649104014.47231397966-3.606978856515.105636959961.1358472296-1.6850251561-1.907817205851.04415251454-0.2163406734780.8932545744120.604115162683-1.25444731856-0.0963490392371.11452005816-0.1090588451350.06897573357581.414691695540.4928382445241.2650699674690.1053361986103.89082088618.1727742784
77.558285376481.550959118630.3094975595163.9907299857-0.958620043241.578991202170.067713240641-0.4260614652320.347504227898-0.427387151228-0.0905285918899-0.157794192997-0.1180006684230.098438354752-0.005646578105760.6861365596460.00236910535662-0.02104184947490.595719247615-0.036364877510.94774573070392.4409650429120.7872781961.89983506697
80.607920376394-0.503124613058-1.502603770543.564933643580.2027419912773.760537687850.572225844465-0.67051396357-0.6152356235980.7178250921030.1322140986290.6636471258670.3569858832280.0990626592073-0.566654488210.519139326516-0.1014838107330.1422462944220.878089776696-0.02025692016021.44537227579113.32862027388.7334349371-1.50935021144
97.00942385725.94802297024-1.958310033886.56685179045-2.910158063026.87829401041-0.2017243091890.03049840642980.616965832504-1.508482120710.309630511478-1.785236596650.6045785936990.8051197788930.03370188606830.542218651381-0.02951288329320.1915546401380.74854517069-0.2098925226911.25758874152116.59229380290.9150789802-11.0010572482
101.266837616610.82113745004-0.08440733437392.018980063810.4802201251010.07850668421260.012969797413-0.001189017497410.945569043672-0.8705294638-0.3502421513740.846226558742-0.0132720297058-0.3883846720980.5712369348560.71721332507-0.108685549107-0.1669989606360.911934684880.02030875349530.953355834977114.605952777105.053406348-16.6280612197
119.9389684757-0.03910698192672.746970175086.498539761-2.314347817154.40760643483-0.467606719329-0.02764969934570.47163541317-0.2213814061320.121429054298-0.249331103236-0.343075272129-0.2704960785830.3477575687220.573878142674-0.0599298672210.1621876711090.6220042476490.01026029714560.798020230969104.88162608108.938278217-2.57146209852
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 47 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 48 through 68 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 27 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 28 through 36 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 37 through 58 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 59 through 103 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 22 through 40 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 41 through 65 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 66 through 84 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 85 through 127 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 128 through 146 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 147 through 181 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 4 through 27 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 28 through 68 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 3 through 36 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 37 through 58 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 59 through 101 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 23 through 39 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 40 through 65 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 66 through 84 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 85 through 103 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 104 through 127 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 128 through 146 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 147 through 165 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 166 through 180 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る