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万見
- PDB-8j4i: Unveiling the Role of Human Prohibitin 2 as a Mitochondrial Calci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j4i
タイトルUnveiling the Role of Human Prohibitin 2 as a Mitochondrial Calcium Channel in Parkinson's Disease
要素Prohibitin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Mitochondria calcium uptake / Calcium channel / Prohibitin 2 / Ion-conducting pore
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial prohibitin complex / regulation of cardiolipin metabolic process / regulation of cytochrome-c oxidase activity / amide binding / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / sphingolipid binding / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / positive regulation of exit from mitosis ...mitochondrial prohibitin complex / regulation of cardiolipin metabolic process / regulation of cytochrome-c oxidase activity / amide binding / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / sphingolipid binding / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / positive regulation of exit from mitosis / CD40 signaling pathway / : / mammary gland branching involved in thelarche / RIG-I signaling pathway / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / : / activation of protein kinase C activity / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / sister chromatid cohesion / positive regulation of immunoglobulin production / B cell activation / presynaptic active zone / antiviral innate immune response / mitophagy / : / GABA-ergic synapse / mammary gland alveolus development / cellular response to retinoic acid / mitochondrion organization / cell periphery / nuclear estrogen receptor binding / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / response to wounding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein import into nucleus / cell migration / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein stabilization / induction by virus of host autophagy / protein heterodimerization activity / axon / negative regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prohibitin / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Li, Y.Y. / Fang, Y. / Gao, Y.X. / Ding, W. / Yang, J. / Liu, Y. / Shen, B. / Wang, J.F. / Zhou, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Prohibitin 2 is a Mitochondrial Ca2+-Selective Channel
著者: Li, Y.Y. / Fang, Y. / Gao, Y.X. / Ding, W. / Yang, J. / Liu, Y. / Shen, B. / Wang, J.F. / Zhou, S.
履歴
登録2023年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prohibitin-2
B: Prohibitin-2
C: Prohibitin-2
D: Prohibitin-2
E: Prohibitin-2
F: Prohibitin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,0656
ポリマ－127,0656
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, light scattering, static light scattering, gel filtration, size exclusion chromatography, 電子顕微鏡法, 300 kV cryo-EM, assay for oligomerization, in cell crosslinking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14250 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area69330 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質
Prohibitin-2 / B-cell receptor-associated protein BAP37 / D-prohibitin / Repressor of estrogen receptor activity


分子量: 21177.529 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHB2, BAP, REA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99623

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
828isotropic22D 1H-15N HSQC
232isotropic22D 1H-13C HSQC
545isotropic22D 1H-13C HSQC
253isotropic13D HN(CA)CB
363isotropic13D HN(COCA)CB
373isotropic13D HN(CO)CA
383isotropic13D HNCA
393isotropic13D HNCO
3103isotropic13D HN(CA)CO
2112isotropic23D (H)CCH-TOCSY
2122isotropic23D CC(CO)NH
2132isotropic23D H(CCO)NH
8148isotropic23D 1H-15N NOESY
4154isotropic23D 1H-15N NOESY
7167isotropic33D 1H-15N NOESY
2172isotropic33D 1H-15N NOESY
6186isotropic33D 1H-15N NOESY
2192isotropic33D 1H-13C NOESY
4204isotropic33D 1H-13C NOESY
6216isotropic33D 1H-13C NOESY
7227isotropic33D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.35 mM [U-15N] [15N]-hPHB2, 90% H2O/10% D2O[15N]90% H2O/10% D2O
solution80.35 mM [U-15N] [15N]-hPHB2, 90% H2O/10% D2O[2H, 15N]90% H2O/10% D2O
solution20.35 mM [U-15N, U-13C] [15N, 13C]-hPHB2, 90% H2O/10% D2O[15N, 13C]90% H2O/10% D2O
solution30.35 mM [2H, 15N, 13C] [2H, 15N, 13C]-hPHB2, 90% H2O/10% D2O[2H, 15N, 13C]90% H2O/10% D2O
solution40.35 mM [50%-2H, 15N, 13C] [50%-2H, 15N, 13C]-hPHB2, 90% H2O/10% D2O[50%-2H, 15N, 13C]90% H2O/10% D2O
solution50.35 mM [2H, 15N, IVL-13C] [2H, 15N, IVL-13C]-hPHB2, 90% H2O/10% D2O[2H, 15N, IVL-13C]90% H2O/10% D2O
solution60.5 mM 50%[15N, 13C]-50%[14N, 12C] 50%[15N, 13C]-50%[14N, 12C]-hPHB2, 90% H2O/10% D2O50%[15N, 13C]-50%[14N, 12C]90% H2O/10% D2O
solution70.5 mM 50%[15N, 2H]-50%[15%C13] 50%[15N, 2H]-50%[15%C13]-hPHB2, 90% H2O/10% D2O50%[15N, 2H]-50%[15%C13]90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.35 mM[15N]-hPHB2[U-15N]1
0.35 mM[15N]-hPHB2[U-15N]8
0.35 mM[15N, 13C]-hPHB2[U-15N, U-13C]2
0.35 mM[2H, 15N, 13C]-hPHB2[2H, 15N, 13C]3
0.35 mM[50%-2H, 15N, 13C]-hPHB2[50%-2H, 15N, 13C]4
0.35 mM[2H, 15N, IVL-13C]-hPHB2[2H, 15N, IVL-13C]5
0.5 mM50%[15N, 13C]-50%[14N, 12C]-hPHB250%[15N, 13C]-50%[14N, 12C]6
0.5 mM50%[15N, 2H]-50%[15%C13]-hPHB250%[15N, 2H]-50%[15%C13]7
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mMcondition_sample_15.6 1 atm308 K
250 mMcondition_sample_25.6 1 atm308 K
350 mMcondition_sample_35.6 1 atm308 K
450 mMcondition_sample_45.6 1 atm308 K
550 mMcondition_sample_55.6 1 atm308 K
650 mMcondition_sample_65.6 1 atm308 K
750 mMcondition_sample_75.6 1 atm308 K
850 mMcondition_sample_85.6 1 atm308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9503

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHX-PLOR NIHstructure calculation
X-PLOR NIHX-PLOR NIH精密化
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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