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万見
- PDB-8j4c: YeeE(TsuA)-YeeD(TsuB) complex for thiosulfate uptake -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j4c
タイトルYeeE(TsuA)-YeeD(TsuB) complex for thiosulfate uptake
要素Spirochaeta thermophila YeeE(TsuA)-YeeD(TsuB),UPF0033 domain-containing protein, SirA-like domain-containing protein (chimera)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Thiosulfate / Bacterial sulfur assimilation / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Sulphur transport domain / Sulphur transport / Uncharacterized protein family UPF0033 signature. / TusA-like domain / Sulfurtransferase TusA / TusA-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / THIOSULFATE / UPF0033 domain-containing protein / Thiosulfate transporter TsuA / SirA-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Spirochaeta thermophila DSM 6578 (バクテリア)
Corynebacterium pollutisoli (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Ikei, M. / Miyazaki, R. / Monden, K. / Naito, Y. / Takeuchi, A. / Takahashi, Y.S. / Tanaka, Y. / Ichikawa, M. / Tsukazaki, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
Japan Science and Technology 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024
タイトル: YeeD is an essential partner for YeeE-mediated thiosulfate uptake in bacteria and regulates thiosulfate ion decomposition.
著者: Ikei, M. / Miyazaki, R. / Monden, K. / Naito, Y. / Takeuchi, A. / Takahashi, Y.S. / Tanaka, Y. / Murata, K. / Mori, T. / Ichikawa, M. / Tsukazaki, T.
履歴
登録2023年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Spirochaeta thermophila YeeE(TsuA)-YeeD(TsuB),UPF0033 domain-containing protein, SirA-like domain-containing protein (chimera)
A: Spirochaeta thermophila YeeE(TsuA)-YeeD(TsuB),UPF0033 domain-containing protein, SirA-like domain-containing protein (chimera)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,66725
ポリマ－98,9552
非ポリマー7,71223
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area34320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.980, 102.440, 186.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Spirochaeta thermophila YeeE(TsuA)-YeeD(TsuB),UPF0033 domain-containing protein, SirA-like domain-containing protein (chimera)


分子量: 49477.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spirochaeta thermophila DSM 6578 (バクテリア), (組換発現) Corynebacterium pollutisoli (バクテリア)
株: DSM 6578 / 遺伝子: Spith_0734, SAMN06295981_0228, Spith_0735 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G0GAP6, UniProt: A0A1X7HYM8, UniProt: G0GAP7
#2: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 18-24% Pentaerythritol-propoxylate (5/4 PO/OH), 100 mM 2-morpholinoethanesulfonic acid (MES)-NaOH (pH 7.0), 300 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→49.39 Å / Num. obs: 21071 / % possible obs: 99.07 % / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 49.19 Å2 / CC1/2: 0.964 / CC star: 0.991 / Rpim(I) all: 0.2815 / Rrim(I) all: 1.095 / Net I/σ(I): 4.15
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 18.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 1989 / CC1/2: 0.559 / CC star: 0.847 / Rpim(I) all: 1.012 / Rrim(I) all: 4.632 / % possible all: 97.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.34→49.39 Å / SU ML: 0.5452 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.1098
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3108 1990 9.44 %
Rwork0.2649 19081 -
obs0.2691 21071 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6238 0 437 0 6675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00296808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56469117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03931008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0471190
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.34-3.420.42441350.36931294X-RAY DIFFRACTION96.42
3.42-3.520.41231410.33871348X-RAY DIFFRACTION98.81
3.52-3.620.38051370.32971322X-RAY DIFFRACTION99.32
3.62-3.740.33461400.29641346X-RAY DIFFRACTION99.27
3.74-3.870.33741420.29011347X-RAY DIFFRACTION99.4
3.87-4.020.34891400.28591341X-RAY DIFFRACTION99.13
4.02-4.210.3041390.26571349X-RAY DIFFRACTION99.6
4.21-4.430.26171400.2341362X-RAY DIFFRACTION99.34
4.43-4.710.28911420.24591365X-RAY DIFFRACTION99.47
4.71-5.070.30641440.25631367X-RAY DIFFRACTION99.8
5.07-5.580.28981420.25991373X-RAY DIFFRACTION99.61
5.58-6.380.34051460.24771387X-RAY DIFFRACTION99.55
6.39-8.040.2411480.21521415X-RAY DIFFRACTION99.74
8.04-49.390.24621540.20521465X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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