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- PDB-8j4a: Crystal structure of OY phytoplasma SAP05 in complex with AtRPN10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j4a
タイトルCrystal structure of OY phytoplasma SAP05 in complex with AtRPN10
要素
  • 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 homolog
  • Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein
キーワードPLANT PROTEIN / ubiquitin-independent protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


stamen formation / post-embryonic root development / response to cytokinin / root hair elongation / response to misfolded protein / leaf senescence / regulation of seed germination / peptide receptor activity / leaf development / pollen development ...stamen formation / post-embryonic root development / response to cytokinin / root hair elongation / response to misfolded protein / leaf senescence / regulation of seed germination / peptide receptor activity / leaf development / pollen development / response to auxin / response to sucrose / response to abscisic acid / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome assembly / response to salt stress / proteasome complex / protein catabolic process / response to heat / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA damage response / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sequence-variable mosaic (SVM), signal sequence / SVM protein signal sequence / : / Ubiquitin interaction motif / Proteasome subunit Rpn10 / Ubiquitin-interacting motif. / von Willebrand factor type A domain / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / VWFA domain profile. ...Sequence-variable mosaic (SVM), signal sequence / SVM protein signal sequence / : / Ubiquitin interaction motif / Proteasome subunit Rpn10 / Ubiquitin-interacting motif. / von Willebrand factor type A domain / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 homolog / Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Onion yellows phytoplasma OY-M (バクテリア)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Dong, C. / Yan, X. / Yuan, X.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900865 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271265 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071193 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81874039 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of SAP05-mediated ubiquitin-independent proteasomal degradation of transcription factors.
著者: Yan, X. / Yuan, X. / Lv, J. / Zhang, B. / Huang, Y. / Li, Q. / Ma, J. / Li, Y. / Wang, X. / Li, Y. / Yu, Y. / Liu, Q. / Liu, T. / Mi, W. / Dong, C.
履歴
登録2023年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein
C: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein
D: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 homolog
B: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4054
ポリマ－66,4054
非ポリマー00
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23830 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.045, 40.586, 130.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.013, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein / OY-M SAP05


分子量: 12288.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Onion yellows phytoplasma OY-M (バクテリア)
株: OY-M / 遺伝子: PAM_518 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6YQ57
#2: タンパク質 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 homolog / 26S proteasome regulatory subunit RPN10 / AtRPN10 / 26S proteasome regulatory subunit S5A homolog / ...26S proteasome regulatory subunit RPN10 / AtRPN10 / 26S proteasome regulatory subunit S5A homolog / Multiubiquitin chain-binding protein 1 / AtMCB1


分子量: 20913.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: RPN10, MBP1, MCB1, At4g38630, F20M13.190, T9A14.7
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55034
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium acetate dehydrate, 18% PEG3350, 0.1 M Guanine hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→48.95 Å / Num. obs: 38214 / % possible obs: 94.58 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 5.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.87
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.4679 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique obs: 3983

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→48.95 Å / SU ML: 0.2348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.4668
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 1833 4.8 %
Rwork0.1925 36371 -
obs0.1954 38204 94.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4596 0 0 477 5073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00764676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96936320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0555708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9808618
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.030.3111410.24492932X-RAY DIFFRACTION98.05
2.03-2.090.3011030.2222153X-RAY DIFFRACTION74.31
2.09-2.150.30181520.20862881X-RAY DIFFRACTION98.16
2.15-2.230.24591380.20852887X-RAY DIFFRACTION98.21
2.23-2.320.26221720.20592867X-RAY DIFFRACTION98.8
2.32-2.430.27811430.20242882X-RAY DIFFRACTION98.5
2.43-2.550.26691280.19652915X-RAY DIFFRACTION98.42
2.55-2.710.27681340.20352608X-RAY DIFFRACTION87.69
2.71-2.920.26691320.20192868X-RAY DIFFRACTION97.98
2.92-3.220.27421450.19672883X-RAY DIFFRACTION97.46
3.22-3.680.23421340.16852575X-RAY DIFFRACTION86.83
3.68-4.640.17021660.14982902X-RAY DIFFRACTION97.68
4.64-48.950.22931450.1723018X-RAY DIFFRACTION97.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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