[日本語] English
万見
- PDB-8j3v: Structure of the transmembrane domain of human PD-L2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j3v
タイトルStructure of the transmembrane domain of human PD-L2
要素Programmed cell death 1 ligand 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-L2 / transmembrane domain / tumor / ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / endomembrane system / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway ...negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / endomembrane system / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / immune response / external side of plasma membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death 1 ligand 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者OuYang, B. / Zhang, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Deciphering Cholesterol's Role in PD-L2 Stability: A Distinct Regulatory Mechanism From PD-L1.
著者: Zhang, Y. / Xiao, T. / Wen, M. / Shen, L. / Du, L. / Wei, S. / Wu, B. / Yu, Y. / Wang, S. / OuYang, B.
履歴
登録2023年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9361
ポリマ－6,9361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 2


分子量: 6936.169 Da / 分子数: 1 / 断片: PD-L2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1LG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BQ51

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic22D 1H-13C HSQC
133isotropic13D HNCO
143isotropic13D HNCA
153isotropic13D HN(CA)CO
163isotropic13D HN(CO)CA
173isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic23D 1H-15N NOESY
192isotropic23D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
bicelle10.5 mM [U-15N] PD-L2_TM, 90% H2O/10% D2O0.5 mM 15N-PD-L2-TM15N_PD-L2-TM90% H2O/10% D2O
bicelle20.5 mM [U-13C; U-15N] PD-L2_TM, 90% H2O/10% D2O13C-15N_PD-L2-TM90% H2O/10% D2O
bicelle30.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] PD-L2_TM, 90% H2O/10% D2O2H-13C-15N_PD-L2-TM90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMPD-L2_TM[U-15N]1
0.5 mMPD-L2_TM[U-13C; U-15N]2
0.5 mMPD-L2_TM[U-13C; U-15N; U-2H]3
試料状態詳細: 0.5 mM PD-L2-TM, 30 mM DMPC, 75 mM DHPC, 25 mM MES, pH 6.5
イオン強度: 0 mM / Label: 30 mM DMPC, 75 mM DHPC, 25 mM MES, pH 6.5 / pH: 6.5 / 圧: 0.1 atm / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る