[日本語] English
万見
- PDB-8j3n: Solution NMR structure of purS subunit of phosphoribosylformylgly... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j3n
タイトルSolution NMR structure of purS subunit of phosphoribosylformylglycinamidine synthase enzyme from Staphylococcus aureus
要素Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS
キーワードLYASE / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase / subunit PurS / Staphylococcus aureus
機能・相同性Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine (FGAM) synthase / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS-like superfamily / phosphoribosylformylglycinamidine synthase / phosphoribosylformylglycinamidine synthase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / na
データ登録者Wahab, A. / Ashraf, F. / Choudhary, M.I.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structure of purS subunit of phosphoribosylformylglycinamidine synthase enzyme from Staphylococcus aureus
著者: Wahab, A. / Ashraf, F. / Choudhary, M.I.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0601
ポリマ－10,0601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / FGAM synthase / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase subunit III / FGAR ...FGAM synthase / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase subunit III / FGAR amidotransferase III / FGAR-AT III / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit III


分子量: 10060.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ATCC
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: purS, SAV1067 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3JUS1, phosphoribosylformylglycinamidine synthase

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D HNHA
181isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
191isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1101isotropic13D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.2 mM 15N,13C Uniformly labeled Subunit PurS of phosphoribosylformylglycinamidine synthase, 20 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.03 % sodium azide, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O
詳細: 1.2 mM protein in 20 mM sodium phosphate buffer pH 6.0, 20 mM sodium chloride, 1 mM DTT.
Label: 15N,13C / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMSubunit PurS of phosphoribosylformylglycinamidine synthase15N,13C Uniformly labeled1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
20 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.03 %sodium azidenatural abundance1
0.15 mMDSSnatural abundance1
試料状態詳細: 1.2 mM protein in 20 mM sodium phosphate buffer pH 6.0, 20 mM sodium chloride, 1 mM DTT, NaN3 0.03%, DSS 0.15 mM
イオン強度: 20 mM / Label: 15N,13C Uniformly Labeled / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
Sparky3.114T. D. Goddard and D. G. Knellerchemical shift assignment
Sparky3.114T. D. Goddard and D. G. Knellerpeak picking
TopSpin3.5pl7Bruker Biospincollection
TopSpin3.5pl7Bruker Biospin解析
CYANA3.98.15Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TALOS-N4.12Yang Shen, and Ad Baxデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
PyMOLSchrodinger, and DeLanoデータ解析
精密化手法: na / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 18

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る