PDB-8j3m: Structure of GH1 Br2 beta-glucosidase from bovine rumen metagenome

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j3m

タイトル

Structure of GH1 Br2 beta-glucosidase from bovine rumen metagenome

要素

Beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase / GH1 / metagenome / beta-glucosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Kaenying, W. / Kongsaeree, P.T. / Tagami, T.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: Heliyon / 年: 2023
タイトル: Structural and mutational analysis of glycoside hydrolase family 1 Br2 beta-glucosidase derived from bovine rumen metagenome.
著者: Kaenying, W. / Tagami, T. / Suwan, E. / Pitsanuwong, C. / Chomngam, S. / Okuyama, M. / Kongsaeree, P. / Kimura, A. / Kongsaeree, P.T.

履歴

登録	2023年4月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j3m.cif.gz	370.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j3m.ent.gz	294.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/8j3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/8j3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j5lC 8j5mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucosidase

B: Beta-glucosidase

C: Beta-glucosidase

D: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.701, 113.873, 181.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-glucosidase 分子量: 53088.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: bovine rumen metagenome / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: BG / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S5SJM8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate pH 7.4, 1.6M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.999→48.26 Å / Num. obs: 135781 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 45.447 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.083 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 12.03
反射シェル	解像度: 1.999→2.12 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 23046 / CC_1/2: 0.645 / R_rim(I) all: 0.821 / R_sym value: 0.725 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS	Jan 10, 2022	データ削減
XDS	Jan 10, 2022	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.999→48.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 7.204 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2651	1979	1.477 %
R_work	0.2329	130465	-
obs	-	133972	90.33 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.384 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.374 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.758 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→48.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14482	0	74	132	14688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	14970
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	13572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.965	1.643	20306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.349	1.574	31262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.516	5	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.035	5	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.008	10	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.549	10	752
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	17516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	13104
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	7540
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	7277
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.04	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.087	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.044	4.199	7164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.044	4.199	7164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.06	7.544	8948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.06	7.545	8949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.182	4.398	7806
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.162	4.381	7767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.451	7.988	11358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.435	7.959	11299
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.723	39.38	17377
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.723	39.386	17368

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.999-2.051	0.372	157	0.337	10176	X-RAY DIFFRACTION	95.5079
2.051-2.107	0.335	151	0.317	10290	X-RAY DIFFRACTION	98.2867
2.107-2.168	0.341	147	0.309	10010	X-RAY DIFFRACTION	98.5638
2.168-2.234	0.569	82	0.542	5211	X-RAY DIFFRACTION	52.8296
2.234-2.307	0.604	72	0.551	4577	X-RAY DIFFRACTION	47.9377
2.307-2.388	0.29	126	0.275	9083	X-RAY DIFFRACTION	97.8432
2.388-2.478	0.373	130	0.283	8729	X-RAY DIFFRACTION	97.4909
2.478-2.579	0.298	127	0.266	8399	X-RAY DIFFRACTION	97.351
2.579-2.693	0.299	115	0.249	8034	X-RAY DIFFRACTION	97.0581
2.693-2.824	0.306	124	0.255	7674	X-RAY DIFFRACTION	96.8094
2.824-2.977	0.277	114	0.247	7243	X-RAY DIFFRACTION	96.2202
2.977-3.156	0.278	98	0.244	6876	X-RAY DIFFRACTION	95.8757
3.156-3.373	0.283	94	0.236	6438	X-RAY DIFFRACTION	95.3298
3.373-3.642	0.247	91	0.249	5818	X-RAY DIFFRACTION	92.4871
3.642-3.987	0.26	65	0.198	4289	X-RAY DIFFRACTION	73.7966
3.987-4.454	0.197	78	0.158	4938	X-RAY DIFFRACTION	93.6695
4.454-5.136	0.157	58	0.147	4354	X-RAY DIFFRACTION	92.767
5.136-6.273	0.221	51	0.179	3730	X-RAY DIFFRACTION	92.8536
6.273-8.797	0.218	46	0.168	2923	X-RAY DIFFRACTION	92.4059
8.797-48.257	0.181	25	0.175	1673	X-RAY DIFFRACTION	88.6221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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