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- PDB-8j30: Crystal structure of ApNGT with Q469A and M218A mutations in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j30
タイトルCrystal structure of ApNGT with Q469A and M218A mutations in complex with UDP-GLC
要素UDP-glucose:protein N-beta-glucosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Actinobacillus pleuropneumoniae / N-glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / protein glycosylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HMW1 domain 2 / HMW1C N-terminal / HMW1C N-terminal / HMW1 domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UDP-glucose:protein N-beta-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 5b str. L20 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Feng, Y. / Hao, Z. / Guo, Q. / Zheng, J. / Da, L. / Peng, W.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91853121 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977066 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177069 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177072 中国
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Investigation of the Catalytic Mechanism of a Soluble N-glycosyltransferase Allows Synthesis of N-glycans at Noncanonical Sequons.
著者: Hao, Z. / Guo, Q. / Feng, Y. / Zhang, Z. / Li, T. / Tian, Z. / Zheng, J. / Da, L.T. / Peng, W.
履歴
登録2023年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose:protein N-beta-glucosyltransferase
B: UDP-glucose:protein N-beta-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,0354
ポリマ－143,0642
非ポリマー9702
水00
1
A: UDP-glucose:protein N-beta-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0992
ポリマ－71,5321
非ポリマー5661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-glucose:protein N-beta-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9362
ポリマ－71,5321
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.409, 95.011, 175.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UDP-glucose:protein N-beta-glucosyltransferase / UDP-Glc:protein N-glucosyltransferase / HMW1C-like protein / N-glycosyltransferase / NGT


分子量: 71532.242 Da / 分子数: 2 / 変異: Q469A,M218A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 5b str. L20 (バクテリア)
遺伝子: APL_1635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A3N2T3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M TBis-Tris-HCl (pH 6.5), 2%(v/v) Tacsimate(pH 6.0), 20%(v/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 30111 / % possible obs: 98.78 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.88→2.93 Å / Num. unique obs: 28618 / CC1/2: 0.721

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→47.18 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2497 1527 5.07 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2134 30111 98.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→47.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9627 0 61 0 9688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6191303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081735
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.990.36941160.27352533X-RAY DIFFRACTION97
2.99-3.090.30641410.27382535X-RAY DIFFRACTION99
3.09-3.220.33681400.26212579X-RAY DIFFRACTION99
3.22-3.360.28621320.25452592X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.540.25371300.23792595X-RAY DIFFRACTION99
3.54-3.760.31111530.21332534X-RAY DIFFRACTION97
3.76-4.050.24321550.20322579X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.460.22291370.18312633X-RAY DIFFRACTION100
4.46-5.10.1981330.18252638X-RAY DIFFRACTION99
5.1-6.430.24531460.20472619X-RAY DIFFRACTION98
6.43-7.810.19261440.18532747X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.038 Å / Origin y: 24.4499 Å / Origin z: 18.5959 Å
111213212223313233
T0.1727 Å20.0067 Å20.0018 Å2-0.1709 Å20.0277 Å2--0.1652 Å2
L0.0204 °20.0767 °20.0267 °2-0.1724 °20.1054 °2--0.0314 °2
S0.0023 Å °0.0016 Å °-0.0029 Å °0.0404 Å °-0.006 Å °0.0542 Å °0.0049 Å °0.0077 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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