PDB-8j2n: Exopolysaccharide phosphotransferase CpsY in Mycobacterium tuberc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j2n

タイトル

Exopolysaccharide phosphotransferase CpsY in Mycobacterium tuberculosis

要素

Exopolysaccharide phosphotransferase CpsY

キーワード

TRANSFERASE / Phosphotransferase CpsY / Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) / Gene name Rv0806c / Taxonomic 83332 NCBI / P9WGD1

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / polysaccharide biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Liu, D.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Exopolysaccharide phosphotransferase CpsY in Mycobacterium tuberculosis
著者: Liu, D.F.

履歴

登録	2023年4月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j2n.cif.gz	116.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j2n.ent.gz	89 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j2n_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j2n_full_validation.pdf.gz	434 KB	表示
XML形式データ	8j2n_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	8j2n_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/8j2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/8j2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exopolysaccharide phosphotransferase CpsY

B: Exopolysaccharide phosphotransferase CpsY

73.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Exopolysaccharide phosphotransferase CpsY

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Exopolysaccharide phosphotransferase CpsY

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.880, 41.730, 100.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Exopolysaccharide phosphotransferase CpsY / Stealth protein CpsY 分子量: 36800.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Primary accession P9WGD1 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 組織: Taxonomic identifier 83332 / 遺伝子: cpsY, Rv0806c 器官: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGD1, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Exopolysaccharide phosphotransferase CpsY / Stealth protein CpsY

分子量: 36800.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Primary accession P9WGD1
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
組織: Taxonomic identifier 83332 / 遺伝子: cpsY, Rv0806c
器官: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGD1, 転移酵素; リンを含む基を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane, pH 5.8, 15% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→26.1 Å / Num. obs: 81599 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.64→1.67 Å / R_merge(I) obs: 1.133 / Num. unique obs: 5998

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→26.1 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	4074	4.99 %
R_work	0.2028	-	-
obs	0.204	81575	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→26.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4119	0	0	136	4255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4247
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.851	5764
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.537	555
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	607
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	746

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.66	0.3166	139	0.2977	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.3117	139	0.2922	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.7	0.3076	132	0.2778	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.72	0.2671	125	0.2637	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.262	146	0.2648	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.294	125	0.243	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2674	124	0.2243	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.2543	129	0.2229	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2326	128	0.2177	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2284	134	0.212	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.269	144	0.2138	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.2401	139	0.2145	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2	0.2507	155	0.2177	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2589	158	0.2036	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.2151	136	0.2003	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.2141	143	0.2047	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.2	0.2358	127	0.1976	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.27	0.2544	131	0.2016	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.34	0.2264	155	0.2009	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.42	0.1978	143	0.2039	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.52	0.2323	134	0.2069	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.63	0.2121	131	0.2191	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.77	0.2214	128	0.2085	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.95	0.2542	148	0.2064	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.17	0.2223	167	0.2047	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.49	0.2141	158	0.1946	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.99	0.205	136	0.1872	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-5.03	0.2023	146	0.1656	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
5.03-26.1	0.2035	174	0.188	2778	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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