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- PDB-8j1k: co-crystal structure of non-carboxylic acid inhibitor with PHD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j1k
タイトルco-crystal structure of non-carboxylic acid inhibitor with PHD2
要素Egl nine homolog 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation of modification of postsynaptic structure / heart trabecula formation ...peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation of modification of postsynaptic structure / heart trabecula formation / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / cardiac muscle tissue morphogenesis / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of neuron apoptotic process / enzyme inhibitor activity / regulation of angiogenesis / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / ferrous iron binding / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.451 Å
データ登録者Xu, J. / Fu, Y. / Ding, X. / Meng, Q. / Wang, L. / Zhang, M. / Ding, X. / Ren, F. / Zhavoronkov, A.
資金援助1件
組織認可番号
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: co-crystal structure of non-carboxylic acid inhibitor with PHD2
著者: Xu, J. / Fu, Y. / Ding, X. / Meng, Q. / Wang, L. / Man, Z. / Ding, X. / Ren, F. / Zhavoronkov, A.
履歴
登録2023年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9443
ポリマ-24,4991
非ポリマー4452
54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.843, 80.843, 63.899
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-620-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 24498.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-SY6 / N-[(6-cyanopyridin-3-yl)methyl]-5-oxidanyl-2-[(3R)-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]-1,7-naphthyridine-6-carboxamide


分子量: 390.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C20H18N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NH4 phosphate monobasic,0.1M Tris,8.5,50% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.18057 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18057 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.2 Å / Num. obs: 8837 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 966

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.451→47.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 10.534 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.572 / ESU R Free: 0.34 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3084 488 5.53 %
Rwork0.242 8336 -
all0.246 --
obs-8824 99.977 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 76.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.638 Å20.319 Å20 Å2
2--0.638 Å2-0 Å2
3----2.069 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.451→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1569 0 30 30 1629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0121645
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7561.6552215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2681.5743434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8915196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.1555.38513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.99810270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.3421076
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1790.21403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.190.24
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1680.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6627.859790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6637.854789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.04111.768984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.03911.773985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4137.923855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4017.928853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.72411.8111231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.72311.8091232
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.99390.931835
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.97690.8911832
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.451-2.5140.267390.18614X-RAY DIFFRACTION100
2.514-2.5830.325260.291574X-RAY DIFFRACTION100
2.583-2.6570.401340.286601X-RAY DIFFRACTION100
2.657-2.7390.367390.299545X-RAY DIFFRACTION100
2.739-2.8280.335270.302551X-RAY DIFFRACTION100
2.828-2.9270.47420.335520X-RAY DIFFRACTION100
2.927-3.0370.385260.312516X-RAY DIFFRACTION100
3.037-3.1610.375310.294484X-RAY DIFFRACTION100
3.161-3.3010.388330.298463X-RAY DIFFRACTION99.7988
3.301-3.4610.345180.263464X-RAY DIFFRACTION100
3.461-3.6470.345270.282423X-RAY DIFFRACTION100
3.647-3.8670.291220.259421X-RAY DIFFRACTION100
3.867-4.1320.323180.258390X-RAY DIFFRACTION100
4.132-4.460.326320.221349X-RAY DIFFRACTION100
4.46-4.8820.236260.198325X-RAY DIFFRACTION100
4.882-5.450.22130.211301X-RAY DIFFRACTION100
5.45-6.280.256130.231266X-RAY DIFFRACTION100
6.28-7.6570.34890.227235X-RAY DIFFRACTION100
7.657-10.690.249110.171181X-RAY DIFFRACTION100
10.69-47.20.27420.208113X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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