PDB-8j1i: Crystal Structure of EphA8/SASH1 Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j1i

タイトル

Crystal Structure of EphA8/SASH1 Complex

要素

Ephrin type-A receptor 8
SAM and SH3 domain-containing protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Complex / SAM-SAM / EphA8 receptor / SASH1

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of protein autoubiquitination / EPH-Ephrin signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / substrate-dependent cell migration / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor activity / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

Ephrin type-A receptor 8, ligand binding domain / SAM and SH3 domain-containing protein 1, SH3 domain / SASH1, SAM domain repeat 1 / SASH1, SAM domain repeat 2 / SAM/SH3 domain-containing / SLy Proteins Associated Disordered Region / : / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Liu, W. / Li, J. / Ding, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: SASH1: A Novel Eph Receptor Partner and Insights into SAM-SAM Interactions.
著者: Ding, Y. / Chen, Q. / Shan, H. / Liu, J. / Lv, C. / Wang, Y. / Yuan, L. / Chen, Y. / Wang, Z. / Yin, Y. / Xiao, K. / Li, J. / Liu, W.

履歴

登録	2023年4月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_contact_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_contact_author.name_first / _pdbx_contact_author.name_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j1i.cif.gz	119.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j1i.ent.gz	92.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/8j1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/8j1i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fxfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

8: Ephrin type-A receptor 8

H: SAM and SH3 domain-containing protein 1

16 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.937, 84.576, 97.804
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Ephrin type-A receptor 8 / EPH- and ELK-related kinase / Tyrosine-protein kinase receptor EEK 分子量: 7489.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Epha8, Eek / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O09127, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質	SAM and SH3 domain-containing protein 1 分子量: 8497.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sash1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59808
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 1500,10% isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97852 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 25509 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.049 / Χ²: 0.607 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 332592

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	13.4	1.212	1242	0.777	0.935	0.34	1.259	0.433	100
1.63-1.66	13.4	0.911	1265	0.89	0.97	0.255	0.946	0.439	100
1.66-1.69	13.3	0.754	1242	0.915	0.977	0.212	0.784	0.438	100
1.69-1.72	13.2	0.582	1262	0.946	0.986	0.165	0.605	0.477	100
1.72-1.76	13	0.491	1276	0.955	0.988	0.14	0.511	0.462	100
1.76-1.8	12.3	0.388	1238	0.965	0.991	0.115	0.405	0.515	100
1.8-1.85	12.6	0.312	1270	0.978	0.994	0.091	0.325	0.568	100
1.85-1.9	13.6	0.361	1241	0.98	0.995	0.101	0.375	0.623	100
1.9-1.95	13.4	0.271	1274	0.976	0.994	0.077	0.282	1.024	100
1.95-2.02	13.3	0.144	1268	0.995	0.999	0.041	0.15	0.53	100
2.02-2.09	13	0.128	1276	0.997	0.999	0.037	0.133	0.676	100
2.09-2.17	12.3	0.091	1258	0.997	0.999	0.027	0.095	0.586	100
2.17-2.27	12.9	0.111	1284	0.996	0.999	0.032	0.115	1.098	100
2.27-2.39	13.6	0.071	1260	0.998	1	0.02	0.074	0.621	100
2.39-2.54	13.4	0.057	1289	0.999	1	0.016	0.059	0.587	100
2.54-2.74	12.9	0.049	1267	0.999	1	0.014	0.051	0.594	100
2.74-3.01	12.8	0.042	1298	0.999	1	0.012	0.044	0.579	100
3.01-3.45	13.5	0.036	1289	0.999	1	0.01	0.038	0.59	100
3.45-4.34	12.4	0.032	1321	0.999	1	0.009	0.033	0.656	100
4.34-50	12.4	0.036	1389	0.999	1	0.011	0.038	0.628	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FXF

6fxf

解像度: 1.6→32.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.633 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2368	1248	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19704	-	-	-
obs	0.19882	24220	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.117 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→32.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1042	0	0	127	1169

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.178	1.636	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.639	1.584	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.333	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.799	22.542	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.883	15	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.049	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.346	2.738	545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.339	2.729	544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.551	4.067	683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.552	4.078	684
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.543	2.976	538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.54	2.985	539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.089	4.356	782
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.49	34.354	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.321	33.415	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.601→1.643 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	92	-
R_work	0.279	1735	-
obs	-	-	98.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9887	-1.8058	0.8033	4.2812	-0.5585	1.5158	-0.1934	-0.0935	-0.202	0.5055	0.3822	0.3583	-0.0498	0.0946	-0.1888	0.0862	0.0711	0.056	0.0721	0.0342	0.0603	-7.4062	5.1351	14.5096
2	2.3409	1.9427	-0.2392	1.6885	-0.3844	0.4821	-0.1105	0.0312	-0.022	-0.0948	0.0224	-0.0588	0.0162	0.0123	0.0881	0.0082	0.0022	0.0157	0.0635	0.0149	0.0803	2.4892	17.0856	-1.7371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	8	931 - 996
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	624 - 690

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)