PDB-8j1g: Structure of amino acid dehydrogenase in complex with NADPH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j1g

タイトル

Structure of amino acid dehydrogenase in complex with NADPH

要素

Ornithine cyclodeaminase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase

機能・相同性

Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding domain superfamily / ARGININE / Chem-NDP / Ornithine cyclodeaminase family protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas veronii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sakuraba, H. / Ohshima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: First crystal structure of an NADP + -dependent l-arginine dehydrogenase belonging to the mu-crystallin family.
著者: Kawakami, R. / Takami, N. / Hayashi, J. / Yoneda, K. / Ohmori, T. / Ohshima, T. / Sakuraba, H.

履歴

登録	2023年4月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j1g.cif.gz	483.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j1g.ent.gz	400.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j1g_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j1g_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8j1g_validation.xml.gz	46.6 KB	表示
CIF形式データ	8j1g_validation.cif.gz	61.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/8j1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/8j1g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j1cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ornithine cyclodeaminase family protein

B: Ornithine cyclodeaminase family protein

C: Ornithine cyclodeaminase family protein

D: Ornithine cyclodeaminase family protein

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ornithine cyclodeaminase family protein

B: Ornithine cyclodeaminase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ornithine cyclodeaminase family protein

D: Ornithine cyclodeaminase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.473, 70.306, 100.137
Angle α, β, γ (deg.)	88.65, 72.53, 86.53
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Ornithine cyclodeaminase family protein 分子量: 36036.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas veronii (バクテリア) 遺伝子: HBO43_18005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7Y0ZV07
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, Na acetate buffer, glycerol, NADPH, arginine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47.8 Å / Num. obs: 56308 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.57 Å / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.2 / Num. measured all: 31137 / Num. unique obs: 4614 / CC_1/2: 0.657 / R_pim(I) all: 0.495 / R_rim(I) all: 1.3 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→47.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 38.301 / SU ML: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27393	2773	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2252	-	-	-
obs	0.22761	53526	98.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.876 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.43 Å²	-1.17 Å²	2.39 Å²
2-	-	-3.93 Å²	2.05 Å²
3-	-	-	-2.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→47.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9200	0	248	45	9493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	9651
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.379	1.648	13204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.467	1.568	21179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.132	5	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.046	5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.993	10	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.086	2.727	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.086	2.728	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.834	4.887	6079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.835	4.887	6080
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.118	3.021	4771
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.118	3.02	4770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.041	5.422	7122
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.082	27.85	10633
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.081	27.82	10628
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	202	-
R_work	0.341	3957	-
obs	-	-	98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.811	-0.3573	-0.0511	2.6955	-0.2484	0.535	0.129	0.255	-0.0541	0.0121	-0.1918	-0.2053	0.2061	0.1931	0.0629	0.1254	0.1827	0.1133	0.7902	-0.0494	0.8999	-0.9207	-0.4037	-0.6334
2	1.8801	-0.6169	-0.0125	1.883	0.7176	1.5882	0.0901	0.3274	0.0409	-0.0901	-0.129	0.1517	-0.1879	-0.1803	0.0389	0.0609	0.162	0.0988	0.7513	0.0076	0.9004	-34.1956	22.6006	-0.7464
3	0.5592	-0.5983	-0.0356	1.7918	0.6331	2.1255	-0.3669	0.2051	-0.177	0.698	0.1817	-0.0831	0.5743	0.2362	0.1851	0.6771	0.1926	0.1886	0.3804	-0.0627	0.6291	-5.6666	27.8596	-47.2509
4	1.193	-1.1806	0.4473	1.5598	-0.6653	3.0989	-0.3302	-0.0981	0.0654	0.8116	0.1873	-0.0965	-0.7387	-0.2552	0.1429	0.802	0.23	0.0682	0.2613	-0.0398	0.4589	-22.0719	63.7657	-46.7582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 1101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 1101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 1002
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 1002

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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