PDB-8j17: Crystal structure of IsPETase variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j17

タイトル

Crystal structure of IsPETase variant

要素

Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

キーワード

HYDROLASE / polyethylene terephthalate (PET) / IsPETase / PET degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ideonella sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Yin, Q.D. / Wang, Y.X.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Green Chem / 年: 2013
タイトル: Efficient polyethylene terephthalate biodegradation by an engineered Ideonella sakaiensis PETase with a fixed substrate-binding W156 residue
著者: Yin, Q. / Zhang, J. / Ma, S. / Gu, T. / Wang, M. / You, S. / Ye, S. / Su, R. / Wang, Y. / Qi, W.

履歴

登録	2023年4月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j17.cif.gz	173.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j17.ent.gz	133.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j17_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j17_full_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示
XML形式データ	8j17_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	8j17_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/8j17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/8j17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

B: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

C: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

86.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.560, 233.800, 163.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-474- HOH

#1: タンパク質	Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / IsPETase / PET hydrolase / PETase / PET-digesting enzyme 分子量: 28748.943 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア) 遺伝子: ISF6_4831 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100mM MES-NaOH, 1.7M MgSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→58.45 Å / Num. obs: 71765 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 37.3 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.97→2.02 Å / Num. unique obs: 5267 / CC_1/2: 0.672

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PRODD		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.97→40.92 Å / SU ML: 0.216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9067
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2131	3529	4.92 %
R_work	0.1755	68176	-
obs	0.1774	71705	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→40.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5770	0	0	761	6531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	5908
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8235	8054
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0538	888
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1066
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4605	2092

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2	0.3543	150	0.3309	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2-2.03	0.3409	141	0.3084	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.03-2.06	0.2795	140	0.2802	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.06-2.09	0.3444	150	0.27	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.09-2.12	0.2941	156	0.2448	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.12-2.16	0.279	138	0.2383	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.16-2.2	0.2834	146	0.2247	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.2-2.24	0.2613	135	0.2138	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.24-2.29	0.2539	131	0.2076	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.29-2.34	0.2392	152	0.1915	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.34-2.39	0.2517	128	0.1905	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.39-2.45	0.2489	120	0.1862	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.45-2.52	0.2305	132	0.1955	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.52-2.59	0.2553	135	0.1871	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.59-2.67	0.2115	133	0.1931	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.67-2.77	0.2483	145	0.1938	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.77-2.88	0.2638	138	0.2076	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.88-3.01	0.271	122	0.1991	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.01-3.17	0.2256	139	0.1911	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.17-3.37	0.2	154	0.1806	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.63	0.221	156	0.1632	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.99	0.1762	152	0.1378	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.99-4.57	0.1688	145	0.1313	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
4.57-5.75	0.1555	149	0.1402	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.83
5.76-40.92	0.1882	142	0.1599	2934	X-RAY DIFFRACTION	99.29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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