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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j0i | ||||||
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タイトル | Aldo-keto reductase KmAKR | ||||||
要素 | NADPH-dependent alpha-keto amide reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / apo-form / NADPH-dependent / beta-8/alpha-8-barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Kluyveromyces marxianus (酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, S.Y. / Zhou, L. / Xu, Y. / Wang, Y.J. / Zheng, Y.G. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Aldo-keto reductase KmAKR from Kluyveromyces marxianus 著者: Xu, S.Y. / Zhou, L. / Xu, Y. / Wang, Y.J. / Zheng, Y.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j0i.cif.gz | 259.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j0i.ent.gz | 210.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8j0i_validation.pdf.gz | 452.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8j0i_full_validation.pdf.gz | 469.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8j0i_validation.xml.gz | 49.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8j0i_validation.cif.gz | 70.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/8j0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/8j0i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35429.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces marxianus (酵母) / 遺伝子: KLMA_60481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0TDP7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Sodium citrate tribasic dihydrate, TRIS hydrochloride, Polyethylene glycol 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→56.15 Å / Num. obs: 95916 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 600337 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.94 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Num. measured all: 27254 / Num. unique obs: 4765 / CC1/2: 0.898 / Rpim(I) all: 0.115 / Rrim(I) all: 0.276 / Χ2: 0.37 / Net I/σ(I) obs: 3.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold 解像度: 1.91→56.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 3.739 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.91→56.15 Å
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拘束条件 |
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