PDB-8j0i: Aldo-keto reductase KmAKR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j0i

タイトル

Aldo-keto reductase KmAKR

要素

NADPH-dependent alpha-keto amide reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / apo-form / NADPH-dependent / beta-8/alpha-8-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / :
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces marxianus (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Xu, S.Y. / Zhou, L. / Xu, Y. / Wang, Y.J. / Zheng, Y.G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Aldo-keto reductase KmAKR from Kluyveromyces marxianus
著者: Xu, S.Y. / Zhou, L. / Xu, Y. / Wang, Y.J. / Zheng, Y.G.

履歴

登録	2023年4月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j0i.cif.gz	259.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j0i.ent.gz	210.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j0i_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j0i_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	8j0i_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	8j0i_validation.cif.gz	70.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/8j0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/8j0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (6)

登録構造単位

A: NADPH-dependent alpha-keto amide reductase

B: NADPH-dependent alpha-keto amide reductase

C: NADPH-dependent alpha-keto amide reductase

D: NADPH-dependent alpha-keto amide reductase

ヘテロ分子

142 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH-dependent alpha-keto amide reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NADPH-dependent alpha-keto amide reductase

登録者が定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: NADPH-dependent alpha-keto amide reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: NADPH-dependent alpha-keto amide reductase

登録者が定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.850, 48.321, 146.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NADPH-dependent alpha-keto amide reductase 分子量: 35429.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces marxianus (酵母) / 遺伝子: KLMA_60481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0TDP7
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Sodium citrate tribasic dihydrate, TRIS hydrochloride, Polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→56.15 Å / Num. obs: 95916 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.155 / Χ²: 0.76 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 600337
反射シェル	解像度: 1.91→1.94 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Num. measured all: 27254 / Num. unique obs: 4765 / CC_1/2: 0.898 / R_pim(I) all: 0.115 / R_rim(I) all: 0.276 / Χ²: 0.37 / Net I/σ(I) obs: 3.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.91→56.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / SU B: 3.739 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2501	4774	5 %	RANDOM
R_work	0.20523	-	-	-
obs	0.20745	91128	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.81 Å²	-0 Å²	3.73 Å²
2-	-	-2.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.91→56.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9904	0	2	538	10444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	10123
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.746	1.649	13724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.257	1.572	22616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.577	5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.314	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.734	10	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.042	0.2	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	11310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.887	1.84	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.887	1.84	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.889	3.305	6110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.888	3.306	6111
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.744	1.928	5228
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.744	1.928	5229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.734	3.501	7615
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.608	22.13	43774
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.572	22.14	43489
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.958 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	355	-
R_work	0.229	6530	-
obs	-	-	97.69 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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