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万見
- PDB-8j0f: GK tetramer with adjacent hooks at reaction state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j0f
タイトルGK tetramer with adjacent hooks at reaction state
要素Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
キーワードPLANT PROTEIN / L-proline biosynthesis / filamentous enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / pollen development / L-proline biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / proline biosynthetic process / plasmodesma / chloroplast ...glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / pollen development / L-proline biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / proline biosynthetic process / plasmodesma / chloroplast / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bifunctional delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase, glutamate-5-kinase domain / Delta l-pyrroline-5-carboxylate synthetase / GPR domain / Gamma-glutamyl phosphate reductase GPR, conserved site / Gamma-glutamyl phosphate reductase signature. / Glutamate 5-kinase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase / Glutamate 5-kinase, conserved site / Glutamate 5-kinase signature. / Glutamate/acetylglutamate kinase / Aspartate/glutamate/uridylate kinase ...Bifunctional delta 1-pyrroline-5-carboxylate synthetase, glutamate-5-kinase domain / Delta l-pyrroline-5-carboxylate synthetase / GPR domain / Gamma-glutamyl phosphate reductase GPR, conserved site / Gamma-glutamyl phosphate reductase signature. / Glutamate 5-kinase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase / Glutamate 5-kinase, conserved site / Glutamate 5-kinase signature. / Glutamate/acetylglutamate kinase / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang, T. / Guo, C.J. / Liu, J.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024
タイトル: Dynamic Arabidopsis P5CS filament facilitates substrate channelling.
著者: Chen-Jun Guo / Tianyi Zhang / Qingqing Leng / Xian Zhou / Jiale Zhong / Ji-Long Liu /
要旨: In plants, the rapid accumulation of proline is a common response to combat abiotic stress. Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase (P5CS) is a rate-limiting enzyme in proline synthesis, catalysing ...In plants, the rapid accumulation of proline is a common response to combat abiotic stress. Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase (P5CS) is a rate-limiting enzyme in proline synthesis, catalysing the initial two-step conversion from glutamate to proline. Here we determine the first structure of plant P5CS. Our results show that Arabidopsis thaliana P5CS1 (AtP5CS1) and P5CS2 (AtP5CS2) can form enzymatic filaments in a substrate-sensitive manner. The destruction of AtP5CS filaments by mutagenesis leads to a significant reduction in enzymatic activity. Furthermore, separate activity tests on two domains reveal that filament-based substrate channelling is essential for maintaining the high catalytic efficiency of AtP5CS. Our study demonstrates the unique mechanism for the efficient catalysis of AtP5CS, shedding light on the intricate mechanisms underlying plant proline metabolism and stress response.
履歴
登録2023年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
F: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
E: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
G: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
D: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
H: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)634,53320
ポリマ－631,8198
非ポリマー2,71412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B / P5CS B


分子量: 78977.320 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: P5CSB, P5CS2, At3g55610, F1I16_20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P54888, glutamate 5-kinase, glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-RGP / GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE / 5-OXO-5-(PHOSPHONOOXY)-D-NORVALINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 227.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10NO7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Arabidopsis thaliana P5CSB incubated with all substrates.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 78.9 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223041 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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