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- PDB-8j09: Crystal structure of the Sld3 Cdc45-binding-domain, in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j09
タイトルCrystal structure of the Sld3 Cdc45-binding-domain, in complex with Cdc45
要素
  • Cell division control protein 45
  • DNA replication regulator SLD3
キーワードREPLICATION / DNA replication / CMG formation / Cdc45 recruitment / Sld3
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitotic DNA replication initiation / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding ...regulation of mitotic DNA replication initiation / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / single-stranded DNA binding / DNA replication / chromatin binding / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sld3, N-terminal / Sld3 N-terminal domain / DNA replication regulator Sld3, C-terminal / DNA replication regulator Sld3 / DNA replication regulator SLD3, STD domain / CDC45 family / CDC45
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication regulator SLD3 / Cell division control protein 45
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Li, H. / Ishizaka, I. / Kato, K. / Sun, X. / Muramatsu, S. / Itou, H. / Ose, T. / Araki, H. / Yao, M.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H01754 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101071 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101083 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structural and functional insights into Cdc45 recruitment by Sld7-Sld3 for CMG complex formation
著者: Li, H. / Ishizaki, I. / Kato, K. / Sun, X. / Muramatsu, S. / Itou, H. / Ose, T. / Araki, H. / Yao, M.
履歴
登録2023年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_entry_details / struct / struct_keywords
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title / _struct_keywords.text
改定 1.22024年11月27日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication regulator SLD3
B: Cell division control protein 45


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4432
ポリマ－105,4432
非ポリマー00
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area36380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.771, 107.569, 128.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DNA replication regulator SLD3


分子量: 31118.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: SLD3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53135
#2: タンパク質 Cell division control protein 45


分子量: 74324.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: CDC45 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08032
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium acetate, 0.1M Bis-Tris propane (pH6.5: pH8.5 = 3:7), 20%(w/v) PEG33500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.605→50 Å / Num. obs: 30622 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 43.86 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1268 / Net I/av σ(I): 2.02 / Net I/σ(I): 13.32
反射 シェル解像度: 2.605→2.703 Å / Rmerge(I) obs: 0.9571 / Num. unique obs: 3000 / CC1/2: 0.727

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.16_3549モデル構築
PHENIX1.16_3549位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→43.47 Å / SU ML: 0.3378 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4795
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2624 1570 5.13 %
Rwork0.2189 29052 -
obs0.2212 30622 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→43.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6476 0 0 40 6516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00256596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62688912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04041013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.85224000
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.690.35971400.30252590X-RAY DIFFRACTION99.53
2.69-2.790.38011400.29152585X-RAY DIFFRACTION99.82
2.79-2.90.31791400.27842592X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.030.34151530.27232612X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.190.28561440.26852607X-RAY DIFFRACTION99.96
3.19-3.390.32741530.24872620X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.650.30491400.23352625X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.020.2521320.20052637X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.60.24361440.18042665X-RAY DIFFRACTION100
4.6-5.790.2211340.1892702X-RAY DIFFRACTION99.93
5.79-43.470.17071500.18142817X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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