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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8izj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Escherichia coli Adenine Phosphoribosyltransferase (APRT) in complex with AMP | ||||||
要素 | Adenine phosphoribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Substrate / Nucleotide Metabolism / Salvage Pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Yadav, P. / Kushwaha, G.S. / Bhavesh, N.S. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Escherichia coli Adenine Phosphoribosyltransferase (APRT) in complex with AMP 著者: Yadav, P. / Kushwaha, G.S. / Bhavesh, N.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8izj.cif.gz | 97.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8izj.ent.gz | 71.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8izj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8izj_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8izj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8izj_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8izj_validation.cif.gz | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/8izj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/8izj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 20163.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: apt, b0469, JW0458 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69503, adenine phosphoribosyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 450分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.0, 20 % PEG 4000, 0.2 M MGCL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月16日 / 詳細: KB mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8731 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→45.59 Å / Num. obs: 42857 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Num. unique obs: 2114 / CC1/2: 0.871 / Rpim(I) all: 0.281 / Rrim(I) all: 0.675 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→45.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.094 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→45.59 Å
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拘束条件 |
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