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万見
- PDB-8iyq: Structure of CbCas9 bound to 20-nucleotide complementary DNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iyq
タイトルStructure of CbCas9 bound to 20-nucleotide complementary DNA substrate
要素
  • NTS
  • TS
  • deadCbCas9
  • sgRNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / Cas9 complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Chryseobacterium (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Zhang, S. / Lin, S. / Liu, J.J.G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32150018 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32101195 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Pro-CRISPR PcrIIC1-associated Cas9 system for enhanced bacterial immunity.
著者: Shouyue Zhang / Ao Sun / Jing-Mei Qian / Shuo Lin / Wenjing Xing / Yun Yang / Han-Zhou Zhu / Xin-Yi Zhou / Yan-Shuo Guo / Yun Liu / Yu Meng / Shu-Lin Jin / Wenhao Song / Cheng-Ping Li / ...著者: Shouyue Zhang / Ao Sun / Jing-Mei Qian / Shuo Lin / Wenjing Xing / Yun Yang / Han-Zhou Zhu / Xin-Yi Zhou / Yan-Shuo Guo / Yun Liu / Yu Meng / Shu-Lin Jin / Wenhao Song / Cheng-Ping Li / Zhaofu Li / Shuai Jin / Jian-Hua Wang / Meng-Qiu Dong / Caixia Gao / Chunlai Chen / Yang Bai / Jun-Jie Gogo Liu /
要旨: The CRISPR system is an adaptive immune system found in prokaryotes that defends host cells against the invasion of foreign DNA. As part of the ongoing struggle between phages and the bacterial ...The CRISPR system is an adaptive immune system found in prokaryotes that defends host cells against the invasion of foreign DNA. As part of the ongoing struggle between phages and the bacterial immune system, the CRISPR system has evolved into various types, each with distinct functionalities. Type II Cas9 is the most extensively studied of these systems and has diverse subtypes. It remains uncertain whether members of this family can evolve additional mechanisms to counter viral invasions. Here we identify 2,062 complete Cas9 loci, predict the structures of their associated proteins and reveal three structural growth trajectories for type II-C Cas9. We found that novel associated genes (NAGs) tended to be present within the loci of larger II-C Cas9s. Further investigation revealed that CbCas9 from Chryseobacterium species contains a novel β-REC2 domain, and forms a heterotetrameric complex with an NAG-encoded CRISPR-Cas-system-promoting (pro-CRISPR) protein of II-C Cas9 (PcrIIC1). The CbCas9-PcrIIC1 complex exhibits enhanced DNA binding and cleavage activity, broader compatibility for protospacer adjacent motif sequences, increased tolerance for mismatches and improved anti-phage immunity, compared with stand-alone CbCas9. Overall, our work sheds light on the diversity and 'growth evolutionary' trajectories of II-C Cas9 proteins at the structural level, and identifies many NAGs-such as PcrIIC1, which serves as a pro-CRISPR factor to enhance CRISPR-mediated immunity.
履歴
登録2023年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: deadCbCas9
F: TS
O: sgRNA
S: NTS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,1784
ポリマ－228,1784
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 deadCbCas9


分子量: 170029.109 Da / 分子数: 1 / 変異: D9A, H837A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chryseobacterium (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 TS


分子量: 8450.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Chryseobacterium (バクテリア)
#3: RNA鎖 sgRNA


分子量: 40936.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Chryseobacterium (バクテリア)
#4: DNA鎖 NTS


分子量: 8762.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Chryseobacterium (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of CbCas9 bound to 20-nucleotide complementary DNA substrate
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.22804 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chryseobacterium (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 150mM NaCl, 20mM Hepes (pH=7.5), 5mM MgCl2, 1mM Tcep, 0.1% Glycerol
緩衝液成分濃度: 1 uM / 名称: sodium chloride / 式: NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 592918 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 88
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00213658
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.44519086
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.362983
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0362158
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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