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万見
- PDB-8iyo: Crystal structure of a protein acetyltransferase, HP0935, acetyl-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iyo
タイトルCrystal structure of a protein acetyltransferase, HP0935, acetyl-CoA bound form
要素N-acetyltransferase domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / GNAT domain / protein acetyltransferase / acetyl-coenzyme A
機能・相同性: / N-acetyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETYL COENZYME *A / N-acetyltransferase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dadireddy, V. / Mahanta, P. / Kumar, A. / Desirazu, R.N. / Ramakumar, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a protein acetyltransferase, HP0935, acetyl-CoA bound form
著者: Dadireddy, V. / Mahanta, P. / Kumar, A. / Desirazu, R.N. / Ramakumar, S.
履歴
登録2023年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyltransferase domain-containing protein
B: N-acetyltransferase domain-containing protein
C: N-acetyltransferase domain-containing protein
D: N-acetyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7448
ポリマ－74,5064
非ポリマー3,2384
水1,35175
1
A: N-acetyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4362
ポリマ－18,6271
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8730 Å2
手法PISA
2
B: N-acetyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4362
ポリマ－18,6271
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8830 Å2
手法PISA
3
C: N-acetyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4362
ポリマ－18,6271
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8760 Å2
手法PISA
4
D: N-acetyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4362
ポリマ－18,6271
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.797, 87.797, 216.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質
N-acetyltransferase domain-containing protein


分子量: 18626.504 Da / 分子数: 4 / 変異: M1V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
遺伝子: HP_0935 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: O25589
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.93 % / 解説: Needles
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% (w/v) poly(acrylic acid, sodium salt) 5100, ethylene glycol (cryo, soaked)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.08 Å / Num. obs: 36841 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 46.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 675020 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.49191.4187346038730.9010.3321.4572.799.9
8.98-44.0817.40.0531258672410.0130.05443.499

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.51 Å44.07 Å
Translation3.51 Å44.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.9データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→44.08 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 1889 5.15 %
Rwork0.1758 34822 -
obs0.1777 36711 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.77 Å2 / Biso mean: 58.7408 Å2 / Biso min: 33.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→44.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5152 0 204 75 5431
Biso mean--58.31 50.36 -
残基数----649
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.460.31241480.254826762824
2.47-2.540.30011410.238726842825
2.54-2.620.27571400.230526582798
2.62-2.710.26121690.24126642833
2.71-2.820.28821370.228326832820
2.82-2.950.27921410.215226632804
2.95-3.110.25831450.215526892834
3.11-3.30.22261410.209526722813
3.3-3.550.21851600.194326562816
3.55-3.910.22681390.165926882827
3.91-4.480.17381490.142626892838
4.48-5.640.16991470.134426842831
5.64-44.080.17131320.142627162848
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.98320.17381.36792.16780.61663.0528-0.05760.06090.11130.0805-0.0405-0.0203-0.1458-0.02090.09310.25120.0006-0.01760.33650.01310.362246.168.486-2.153
22.8341-0.66753.4682.4116-1.41628.9551-0.2241-0.27880.06160.14820.24620.009-0.8875-0.2775-0.0320.58660.05140.00260.49910.06530.438330.9415.886-38.077
31.9950.25960.91812.5805-1.71294.60520.0992-0.0726-0.0695-0.012-0.05620.06860.2462-0.1239-0.03640.28890.050.02280.30750.02140.389772.6266.913-28.2
42.86350.4507-0.17273.34860.5555.23050.00280.12590.0940.17510.00280.06250.3583-0.2720.00190.2647-0.005-0.03020.35670.00180.361516.715-6.772-12.455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 0:161 OR RESID 201:201 ) )A0 - 161
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 0:161 OR RESID 201:201 ) )A201
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID -1:160 OR RESID 201:201 ) )B-1 - 160
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID -1:160 OR RESID 201:201 ) )B201
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND ( RESID -1:160 OR RESID 201:201 ) )C-1 - 160
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND ( RESID -1:160 OR RESID 201:201 ) )C201
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND ( RESID -1:161 OR RESID 201:201 ) )D-1 - 161
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND ( RESID -1:161 OR RESID 201:201 ) )D201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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