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- PDB-8iye: Structure of VldE-D158N in complex with GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iye
タイトルStructure of VldE-D158N in complex with GDP
要素Validamine 7-phosphate valienyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Pseudoglycosyltransferase / validamine
機能・相同性
機能・相同性情報


validamine 7-phosphate valienyltransferase / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase complex (UDP-forming) / trehalose-phosphatase activity / trehalose biosynthetic process / hexosyltransferase activity / trehalose metabolism in response to stress / antibiotic biosynthetic process / cellular response to heat / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 20 / Glycosyltransferase family 20
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Validamine 7-phosphate valienyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces hygroscopicus subsp. limoneus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wong, C.P. / Mori, T. / Mahmud, T. / Abe, I.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of VldE-D158N in complex with GDP
著者: Wong, C.P. / Mori, T. / Mahmud, T. / Abe, I.
履歴
登録2023年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Validamine 7-phosphate valienyltransferase
B: Validamine 7-phosphate valienyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8974
ポリマ－110,0112
非ポリマー8862
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area36690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.044, 84.567, 120.928
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999999898868, 0.000338918247345, -0.000295631975658), (0.000339077038492, -0.9999997982, 0.000537239752688), (-0.000295449835644, -0.00053733994037, -0.999999811988) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999999898868, 0.000338918247345, -0.000295631975658), (0.000339077038492, -0.9999997982, 0.000537239752688), (-0.000295449835644, -0.00053733994037, -0.999999811988)
ベクター: -0.0120523647625, -0.655231988173, -60.4597407117)

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要素

#1: タンパク質 Validamine 7-phosphate valienyltransferase / Pseudoglycosyltransferase / Trehalose 6-phosphate synthase-like enzyme VldE


分子量: 55005.547 Da / 分子数: 2 / 変異: D158N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus subsp. limoneus (バクテリア)
遺伝子: vldE, SHL15_8006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q15JG1, validamine 7-phosphate valienyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH8.5, 26% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.04 Å / Num. obs: 74663 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 27.34 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4474 / CC1/2: 0.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→48.04 Å / SU ML: 0.2799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.3116
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 3682 4.94 %
Rwork0.2357 70917 -
obs0.238 74599 97.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7352 0 56 497 7905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00327584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.685110356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04431136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00651370
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.04852722
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.930.36171470.2942742X-RAY DIFFRACTION96.24
1.93-1.950.33451670.28082680X-RAY DIFFRACTION99.62
1.95-1.980.32781190.27662785X-RAY DIFFRACTION98.27
1.98-2.010.3011300.27472686X-RAY DIFFRACTION96.17
2.01-2.040.30351520.27662731X-RAY DIFFRACTION99.48
2.04-2.070.31531550.26522688X-RAY DIFFRACTION97.5
2.07-2.110.33821600.27592655X-RAY DIFFRACTION97.61
2.11-2.150.34211520.27542753X-RAY DIFFRACTION98.98
2.15-2.190.33391460.27452687X-RAY DIFFRACTION96.03
2.19-2.230.38241370.27322710X-RAY DIFFRACTION98.79
2.23-2.280.31281590.28212754X-RAY DIFFRACTION96.81
2.28-2.340.36261220.28422649X-RAY DIFFRACTION97.71
2.34-2.390.31651080.27422775X-RAY DIFFRACTION97.14
2.39-2.460.30061440.2792683X-RAY DIFFRACTION97.18
2.46-2.530.33271530.27472700X-RAY DIFFRACTION96.39
2.53-2.610.36321470.27762677X-RAY DIFFRACTION97.85
2.61-2.710.38191290.27772722X-RAY DIFFRACTION96.78
2.71-2.810.31681350.27792740X-RAY DIFFRACTION97.23
2.81-2.940.351330.27762708X-RAY DIFFRACTION97.23
2.94-3.10.27771290.27362736X-RAY DIFFRACTION97.28
3.1-3.290.29551690.25212678X-RAY DIFFRACTION97.87
3.29-3.550.28541390.22142762X-RAY DIFFRACTION98.31
3.55-3.90.22711380.2032785X-RAY DIFFRACTION98.65
3.9-4.470.19011310.18322786X-RAY DIFFRACTION98.91
4.47-5.630.21031320.17882797X-RAY DIFFRACTION99.02
5.63-48.040.23891490.17342848X-RAY DIFFRACTION98.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2797786048-2.61244370810.01956561802063.36124781499-0.3559827710410.467598394862-0.223015188917-0.06176025280080.32143642014-0.2989726381420.01575850212320.10201864402-0.443627649624-0.1689353620030.2013447084570.5243460888180.0237555465084-0.08793964408530.351731451685-0.05268303685890.329148936131-8.6020800448832.0914607639-51.9131584822
20.7209278887860.903202025492-0.2070822921662.66919439214-0.4759103270281.91967380574-0.0233994282570.0887754849650.0380395218744-0.242270513382-0.05261796163390.0574723085703-0.04962703618320.08519498872220.07093169827710.1459965481560.0299056657107-0.01681690556830.331318668207-0.079274006560.179420237716-3.478239287289.30140632601-44.4239850595
31.065263464810.202261253198-0.3189518582981.029326491540.2015303204011.517322410590.082563080030.140758125050.03092833126580.0618092560447-0.1442785713330.196892604237-0.257962703951-0.2538036406420.05960875279520.1933655040670.0138084520436-0.009543469851270.485414115722-0.08129484313070.245049453499-14.978882394121.7008870224-22.6682181577
43.721074601284.75814249507-0.2801017765626.03074958689-0.3634276756440.101904673573-0.4723981385980.315155079259-0.400891432874-0.2240988247090.1849572925890.02321366798480.307201977917-0.3773834438170.2711848406550.48513782306-0.09460869607120.1396823605940.540986425283-0.0810407510020.3727875457-11.535478721-35.3945233946-10.6019767124
50.656136009977-0.5092043372820.3367307067912.26163781061-1.081985190451.93731592871-0.0018921590783-0.0474352775897-0.1494688874160.244313063364-0.04149167123070.2774835465650.257420449739-0.01988564072470.01985414843750.27292917077-0.02914707124360.05791406355830.472520860175-0.07307492036370.241690272379-7.65474398453-18.6668225432-9.806145762
60.5338811498130.03945539646640.2448395711241.126456907450.4558568044741.233187149520.0542768528582-0.0793504959858-0.0265460626044-0.0244356123962-0.1325019706940.1223463453090.172463362852-0.1420430453620.06247401306180.1675728058570.00268397428750.02303087253840.475360386906-0.05147045612650.208652319562-10.208513061-18.2598634757-32.953680558
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 88 )AA3 - 881 - 86
22chain 'A' and (resid 89 through 264 )AA89 - 26487 - 262
33chain 'A' and (resid 269 through 481 )AA269 - 481263 - 475
44chain 'B' and (resid 3 through 34 )BC3 - 341 - 32
55chain 'B' and (resid 35 through 180 )BC35 - 18033 - 178
66chain 'B' and (resid 181 through 481 )BC181 - 481179 - 475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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