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- PDB-8iyb: Structure insight into substrate recognition and catalysis by fer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iyb
タイトルStructure insight into substrate recognition and catalysis by feruloyl esterase from Aspergillus sydowii
要素Feruloyl esterase
キーワードHYDROLASE / Feruloyl esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylxylan esterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Esterase, PHB depolymerase / Esterase PHB depolymerase / : / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / Carboxylic ester hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus sydowii (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Phienluphon, A. / Kondo, K. / Mikami, B. / Nagata, T. / Katahira, M.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03192 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K21477 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05519 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H05596 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06524 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06164 日本
引用
ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the molecular mechanisms of substrate recognition and hydrolysis by feruloyl esterase from Aspergillus sydowii.
著者: Phienluphon, A. / Kondo, K. / Mikami, B. / Nagata, T. / Katahira, M.
#1: ジャーナル: Bull Soc Ophtalmol Fr / 年: 1987
タイトル: [Treatment of vitreous hemorrhages. Rare causes].
著者: Aracil, P.
履歴
登録2023年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Feruloyl esterase
B: Feruloyl esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,57519
ポリマ－60,6342
非ポリマー1,94117
水8,971498
1
A: Feruloyl esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1968
ポリマ－30,3171
非ポリマー8797
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Feruloyl esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,37911
ポリマ－30,3171
非ポリマー1,06210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.348, 65.494, 95.293
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.715, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Feruloyl esterase / Carboxylic ester hydrolase


分子量: 30317.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus sydowii (カビ) / 遺伝子: ASPSYDRAFT_1158585 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A1L9T9J3
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 511分子

#3: 化合物 ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID / フェルラ酸


分子量: 194.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 30% (w/v) PEG 4000, 10mM ferulic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 71862 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.38 % / Biso Wilson estimate: 15.82 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rrim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 27.35
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 3.22 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Mean I/σ(I) obs: 5.89 / Num. unique obs: 33874 / CC1/2: 0.978 / Rrim(I) all: 0.181 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
XDSJan10, 2022データ削減
XDSJan10, 2022データスケーリング
MOLREP11.7.01位相決定
PHENIX1.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8IY8

8iy8


解像度: 1.5→47.32 Å / SU ML: 0.1318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.8152
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1688 3592 5 %
Rwork0.1215 68253 -
obs0.1239 71845 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4158 0 128 498 4784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00464591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75436301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0757678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055842
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7371634
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.22421060.13382011X-RAY DIFFRACTION76.68
1.52-1.540.17081220.12262341X-RAY DIFFRACTION86.85
1.54-1.560.17081330.11342512X-RAY DIFFRACTION93.46
1.56-1.590.18091350.11212572X-RAY DIFFRACTION99.01
1.59-1.610.16571410.10932675X-RAY DIFFRACTION99.96
1.61-1.640.1661420.1072707X-RAY DIFFRACTION99.96
1.64-1.660.15931380.10232617X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.690.18551410.122671X-RAY DIFFRACTION99.93
1.69-1.730.18261390.13642656X-RAY DIFFRACTION99.89
1.73-1.760.22151410.12952668X-RAY DIFFRACTION99.86
1.76-1.80.16061410.12182666X-RAY DIFFRACTION99.93
1.8-1.840.20261390.1152658X-RAY DIFFRACTION99.93
1.84-1.890.16321400.10662651X-RAY DIFFRACTION99.96
1.89-1.940.14611410.10442678X-RAY DIFFRACTION99.86
1.94-20.1531400.1112652X-RAY DIFFRACTION99.89
2-2.060.17431400.11162675X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.140.1671390.11512639X-RAY DIFFRACTION99.93
2.14-2.220.15561430.10942719X-RAY DIFFRACTION99.97
2.22-2.320.17831410.11782668X-RAY DIFFRACTION99.89
2.32-2.440.17491400.1192661X-RAY DIFFRACTION99.96
2.44-2.60.15421400.12372662X-RAY DIFFRACTION99.68
2.6-2.80.16481400.1282669X-RAY DIFFRACTION99.47
2.8-3.080.16461410.12842690X-RAY DIFFRACTION99.58
3.08-3.520.15421410.12052682X-RAY DIFFRACTION99.89
3.53-4.440.15161430.11662702X-RAY DIFFRACTION99.75
4.44-47.320.20441450.14762751X-RAY DIFFRACTION99.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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