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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iy8 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure insight into substrate recognition and catalysis by feruloyl esterase from Aspergillus sydowii | |||||||||||||||||||||
![]() | Feruloyl esterase![]() | |||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Phienluphon, A. / Kondo, K. / Mikami, B. / Nagata, T. / Katahira, M. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the molecular mechanisms of substrate recognition and hydrolysis by feruloyl esterase from Aspergillus sydowii. 著者: Phienluphon, A. / Kondo, K. / Mikami, B. / Nagata, T. / Katahira, M. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 318.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 213.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8iybC ![]() 8iycC ![]() 5x6sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 30317.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-ACT / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: Ammonium acetate, sodium acetate, PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 79279 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.03 % / Biso Wilson estimate: 17.16 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 31.45 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 5.09 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 4.87 / Num. unique obs: 11927 / CC1/2: 0.95 / Rrim(I) all: 0.281 / % possible all: 95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5X6S 解像度: 1.5→39.25 Å / SU ML: 0.1364 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.744 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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