PDB-8iy4: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iy4

タイトル

Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex with Meropenem

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Beta-lactamase / Carbapenem / Antimicrobial resistance / Meropenem

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bhattacharya, S. / Hazra, S.

資金援助

インド, 3件

組織	認可番号	国
Indian Council of Medical Research	5/3/8/17/GIA-ITR	インド
Indian Council of Medical Research	BIC/12(15)/2014,	インド
Science and Engineering Research Board (SERB)	YSS/2014/000492	インド

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex with Meropenem
著者: Bhattacharya, S. / Hazra, S.

履歴

登録	2023年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iy4.cif.gz	118.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iy4.ent.gz	88 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iy4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iy4_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iy4_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8iy4_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	8iy4_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iy4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.774, 72.619, 43.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.953, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-518- HOH
2	1	A-525- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Penicillinase 分子量: 31966.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: blaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01166, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-MER / (4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d ihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Meropenem, bound form 分子量: 385.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.37 % / 解説: Single crystal with cubic in nature
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 2.0 M Ammonium phosphate monobasic PH範囲: 7.0-9.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月5日 / 詳細: X ray optics

放射

モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→24.53 Å / Num. obs: 19371 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.199 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
2.05-24.52	6.8	0.088	218	0.994	0.049	0.101
2-2.05	10.4	0.655	1398	0.889	0.311	0.728

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
CrysalisPro		データ収集
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→24.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 5.297 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2641	940	4.853 %
R_work	0.2023	18429	-
all	0.205	-	-
obs	-	19369	99.871 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.949 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.416 Å²	-0 Å²	0.978 Å²
2-	-	-1.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.345 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→24.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1992	0	31	180	2203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.652	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.471	1.57	4563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.832	5	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.252	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.627	10	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.171	10	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.257	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.64	2.05	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.639	2.05	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.554	3.673	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.553	3.676	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.32	2.392	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.295	2.378	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.674	4.27	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.63	4.238	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.756	25.126	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.425	24.261	2382

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.363	73	0.237	1316	0.244	1389	0.905	0.958	100	0.226
2.052-2.107	0.236	72	0.235	1322	0.235	1394	0.959	0.958	100	0.223
2.107-2.168	0.304	65	0.221	1305	0.225	1370	0.947	0.964	100	0.209
2.168-2.234	0.28	76	0.228	1223	0.231	1299	0.952	0.963	100	0.214
2.234-2.307	0.326	59	0.213	1198	0.218	1257	0.929	0.966	100	0.201
2.307-2.387	0.27	69	0.216	1135	0.219	1204	0.948	0.966	100	0.202
2.387-2.476	0.298	52	0.201	1138	0.205	1190	0.944	0.972	100	0.189
2.476-2.576	0.307	51	0.186	1115	0.191	1166	0.951	0.976	100	0.175
2.576-2.69	0.265	44	0.192	1053	0.195	1097	0.96	0.974	100	0.182
2.69-2.819	0.263	53	0.197	989	0.201	1042	0.957	0.972	100	0.19
2.819-2.969	0.25	51	0.206	943	0.208	995	0.952	0.971	99.8995	0.199
2.969-3.147	0.302	45	0.209	904	0.213	949	0.938	0.969	100	0.203
3.147-3.36	0.222	34	0.2	865	0.201	899	0.967	0.972	100	0.198
3.36-3.624	0.269	40	0.198	786	0.202	826	0.941	0.974	100	0.199
3.624-3.961	0.276	26	0.191	736	0.194	766	0.948	0.976	99.4778	0.197
3.961-4.414	0.19	34	0.185	669	0.185	704	0.973	0.975	99.858	0.19
4.414-5.069	0.241	41	0.176	572	0.18	613	0.966	0.98	100	0.186
5.069-6.143	0.253	37	0.213	497	0.216	536	0.961	0.973	99.6269	0.219
6.143-8.428	0.257	15	0.198	406	0.2	422	0.973	0.972	99.763	0.209
8.428-24.53	0.092	3	0.183	257	0.182	265	0.996	0.975	98.1132	0.197

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