[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8iy4: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8iy4 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex with Meropenem | ||||||||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||||||||
Keywords | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Beta-lactamase / Carbapenem / Antimicrobial resistance / Meropenem | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Yersinia enterocolitica (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||||||||
Authors | Bhattacharya, S. / Hazra, S. | ||||||||||||
Funding support | India, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex with Meropenem Authors: Bhattacharya, S. / Hazra, S. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8iy4.cif.gz | 118.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8iy4.ent.gz | 88 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8iy4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8iy4_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8iy4_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 8iy4_validation.xml.gz | 13.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8iy4_validation.cif.gz | 20 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iy4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 31966.578 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia enterocolitica (bacteria) / Gene: blaA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q01166, beta-lactamase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-MER / ( |
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.37 % / Description: Single crystal with cubic in nature |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 2.0 M Ammonium phosphate monobasic PH range: 7.0-9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU HyPix-6000HE / Detector: PIXEL / Date: Oct 5, 2022 / Details: X ray optics | |||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Cu / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→24.53 Å / Num. obs: 19371 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.9 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→24.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 5.297 / SU ML: 0.147 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.186 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.949 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→24.53 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|