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万見
- PDB-8iy2: Structure of Acb2 complexed with 3',3'-cGAMP and cAAA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iy2
タイトルStructure of Acb2 complexed with 3',3'-cGAMP and cAAA
要素p26
キーワードVIRAL PROTEIN / anti-CBASS protein
機能・相同性: / Acb2/Tad1, hairpin domain / Chem-3AM / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / p26
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage PaP2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Cao, X.L. / Xiao, Y. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Phage anti-CBASS protein simultaneously sequesters cyclic trinucleotides and dinucleotides.
著者: Cao, X. / Xiao, Y. / Huiting, E. / Cao, X. / Li, D. / Ren, J. / Fedorova, I. / Wang, H. / Guan, L. / Wang, Y. / Li, L. / Bondy-Denomy, J. / Feng, Y.
履歴
登録2023年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p26
B: p26
C: p26
D: p26
E: p26
F: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,40245
ポリマ－63,5046
非ポリマー9,89939
水45025
1
A: p26
ヘテロ分子

A: p26
ヘテロ分子

A: p26
ヘテロ分子

A: p26
ヘテロ分子

A: p26
ヘテロ分子

A: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,13454
ポリマ－63,5046
非ポリマー11,63048
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
2
B: p26
ヘテロ分子

B: p26
ヘテロ分子

B: p26
ヘテロ分子

B: p26
ヘテロ分子

B: p26
ヘテロ分子

B: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,76148
ポリマ－63,5046
非ポリマー11,25742
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
3
C: p26
D: p26
ヘテロ分子

C: p26
D: p26
ヘテロ分子

C: p26
D: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,63042
ポリマ－63,5046
非ポリマー9,12636
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
4
E: p26
F: p26
ヘテロ分子

E: p26
F: p26
ヘテロ分子

E: p26
F: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,63042
ポリマ－63,5046
非ポリマー9,12636
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.427, 103.427, 101.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21D-304-

HOH

31D-306-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
p26 / Acb2


分子量: 10583.947 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage PaP2 (ファージ)
遺伝子: orf26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PVL0
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物...
ChemComp-3AM / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate / 3'-AMP / アデノシン3′-りん酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-3GP / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / 3′-GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium bromide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 16565 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.223 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 162997
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.76-2.818.90.9548240.8860.9690.3341.0121.068100
2.81-2.869.30.9028050.8720.9650.3080.9541.07999.6
2.86-2.919.10.7238250.910.9760.250.7661.09199.6
2.91-2.9710.10.6718080.9370.9840.2190.7071.098100
2.97-3.0410.60.5268220.9570.9890.1670.5531.11499.6
3.04-3.1110.10.4768050.9740.9930.1540.51.05699.8
3.11-3.1910.10.3768140.9840.9960.1230.3961.04599.6
3.19-3.279.40.3218250.9620.990.1090.3391.199.9
3.27-3.3710.40.2818200.9820.9950.090.2951.07599.8
3.37-3.4810.10.248220.9880.9970.0780.2531.14399.9
3.48-3.69.60.1938260.9920.9980.0650.2041.16299.8
3.6-3.7510.40.1388220.9950.9990.0440.1451.18799.9
3.75-3.9210.20.18300.99810.0330.1051.17799.8
3.92-4.129.40.0848320.9980.9990.0280.0881.25699.8
4.12-4.3810.40.0728190.99910.0230.0761.34798.8
4.38-4.729.90.0648310.99910.0210.0681.36499.6
4.72-5.1910.50.0688350.99910.0220.0721.36599.6
5.19-5.949.60.0668370.99810.0220.071.44699.9
5.94-7.489.80.058610.99910.0160.0521.58199.9
7.48-508.80.032902110.0110.0341.68898.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4459: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.76→40.97 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2928 819 4.97 %
Rwork0.2438 --
obs0.2462 16472 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→40.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4972 0 52 25 5049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0277018
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9361154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.032819
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.930.43371310.35282548X-RAY DIFFRACTION99
2.93-3.160.30971270.28722587X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.470.34151350.28412581X-RAY DIFFRACTION99
3.47-3.970.31981390.23462610X-RAY DIFFRACTION100
3.98-5.010.26161400.22072623X-RAY DIFFRACTION99
5.01-40.970.23671470.212704X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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