PDB-8iy1: Structure of Acb2 complexed with cAAG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iy1

タイトル

Structure of Acb2 complexed with cAAG

要素

p26

キーワード

VIRAL PROTEIN / anti-CBASS protein

機能・相同性

: / Acb2/Tad1, hairpin domain / Chem-3AM / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / p26

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage PaP2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cao, X.L. / Xiao, Y. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Phage anti-CBASS protein simultaneously sequesters cyclic trinucleotides and dinucleotides.
著者: Cao, X. / Xiao, Y. / Huiting, E. / Cao, X. / Li, D. / Ren, J. / Fedorova, I. / Wang, H. / Guan, L. / Wang, Y. / Li, L. / Bondy-Denomy, J. / Feng, Y.

履歴

登録	2023年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iy1.cif.gz	136.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iy1.ent.gz	109.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iy1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iy1_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iy1_full_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示
XML形式データ	8iy1_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	8iy1_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iy1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iy1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ixzC 8iy0C 8iy2C 8j8oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: p26

B: p26

C: p26

D: p26

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_556	x-y,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	-x,-x+y,-z+1	1

2

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	x-y,-y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	-x,-x+y,-z	1

3

C: p26

D: p26

ヘテロ分子

C: p26

D: p26

ヘテロ分子

C: p26

D: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.590, 103.590, 101.436
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-211- HOH
2	1	A-243- HOH
3	1	A-244- HOH
4	1	A-247- HOH
5	1	A-252- HOH
6	1	B-213- HOH
7	1	B-236- HOH
8	1	B-238- HOH
9	1	C-225- HOH
10	1	C-242- HOH
11	1	C-251- HOH
12	1	C-252- HOH
13	1	D-220- HOH
14	1	D-235- HOH
15	1	D-243- HOH
16	1	D-244- HOH
17	1	D-245- HOH
18	1	E-207- HOH
19	1	E-213- HOH
20	1	E-218- HOH
21	1	E-219- HOH
22	1	F-209- HOH

#1: タンパク質	p26 / Acb2 分子量: 10583.947 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas phage PaP2 (ファージ) 遺伝子: orf26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PVL0
#2: 化合物	ChemComp-3AM / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate / 3'-AMP / アデノシン3′-りん酸分子量: 347.221 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-3GP / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / 3′-GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium bromide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36272 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 17.6 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 1.755 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 638202

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	13.6	0.845	1648	0.89	0.971	0.235	0.879	1.017	92.8
2.14-2.18	14.6	0.67	1727	0.935	0.983	0.18	0.694	1.054	94.1
2.18-2.22	15.5	0.546	1752	0.968	0.992	0.142	0.565	1.083	95.9
2.22-2.26	16.4	0.483	1820	0.977	0.994	0.122	0.499	1.12	97.9
2.26-2.31	17.9	0.438	1770	0.984	0.996	0.106	0.45	1.125	98.1
2.31-2.37	18.6	0.402	1804	0.986	0.997	0.095	0.413	1.101	98.2
2.37-2.42	17.7	0.343	1794	0.987	0.997	0.083	0.353	1.143	98.4
2.42-2.49	19.1	0.282	1786	0.993	0.998	0.065	0.289	1.223	98.5
2.49-2.56	19.2	0.27	1810	0.993	0.998	0.063	0.278	1.212	98.5
2.56-2.65	18.7	0.218	1832	0.995	0.999	0.051	0.224	1.304	98.6
2.65-2.74	17.8	0.184	1805	0.995	0.999	0.044	0.19	1.377	98.2
2.74-2.85	18.9	0.153	1811	0.997	0.999	0.036	0.158	1.465	99.1
2.85-2.98	18.3	0.13	1822	0.998	0.999	0.031	0.133	1.643	98.5
2.98-3.14	19.1	0.107	1830	0.998	1	0.025	0.11	1.868	99.3
3.14-3.33	18.2	0.087	1842	0.998	1	0.021	0.089	2.262	98.9
3.33-3.59	18.1	0.078	1831	0.999	1	0.019	0.081	2.558	99.2
3.59-3.95	18.1	0.06	1847	0.999	1	0.014	0.062	2.805	98.9
3.95-4.52	17.9	0.054	1879	0.999	1	0.013	0.055	2.989	99.4
4.52-5.7	17.2	0.055	1882	0.999	1	0.013	0.056	3.135	99.4
5.7-50	16.4	0.045	1980	0.999	1	0.011	0.047	3.067	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→28.68 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	1805	4.99 %
R_work	0.2213	-	-
obs	0.2226	36138	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4810	0	0	227	5037

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.029	4956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.891	6744
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	31.462	798
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	714
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.024	822

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.16	0.293	127	0.2536	2455	X-RAY DIFFRACTION	92
2.16-2.22	0.2755	136	0.226	2513	X-RAY DIFFRACTION	95
2.22-2.3	0.2947	139	0.2374	2612	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3-2.38	0.252	143	0.2403	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
2.38-2.47	0.2607	135	0.2257	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
2.47-2.58	0.2955	138	0.2271	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
2.58-2.72	0.2731	137	0.2312	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
2.72-2.89	0.2981	140	0.2442	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
2.89-3.11	0.2939	138	0.2316	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
3.11-3.43	0.2203	140	0.2103	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
3.43-3.92	0.2139	146	0.2028	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
3.92-4.94	0.2112	139	0.201	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
4.94-28.68	0.2491	147	0.2321	2815	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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