PDB-8iy0: Structure of Acb2 complexed with cAAA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iy0

タイトル

Structure of Acb2 complexed with cAAA

要素

p26

キーワード

VIRAL PROTEIN / anti-CBASS protein

機能・相同性

Chem-3AM / p26

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage PaP2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Cao, X.L. / Xiao, Y. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Phage anti-CBASS protein simultaneously sequesters cyclic trinucleotides and dinucleotides.
著者: Cao, X. / Xiao, Y. / Huiting, E. / Cao, X. / Li, D. / Ren, J. / Fedorova, I. / Wang, H. / Guan, L. / Wang, Y. / Li, L. / Bondy-Denomy, J. / Feng, Y.

履歴

登録	2023年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iy0.cif.gz	133.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iy0.ent.gz	107.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iy0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iy0_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iy0_full_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示
XML形式データ	8iy0_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	8iy0_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iy0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ixzC 8iy1C 8iy2C 8j8oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: p26

B: p26

C: p26

D: p26

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_556	x-y,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	-x,-x+y,-z+1	1

2

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	x-y,-y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	-x,-x+y,-z	1

3

C: p26

D: p26

ヘテロ分子

C: p26

D: p26

ヘテロ分子

C: p26

D: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.904, 103.904, 101.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-223- HOH
2	1	A-238- HOH
3	1	A-241- HOH
4	1	A-244- HOH
5	1	A-245- HOH
6	1	B-211- HOH
7	1	B-219- HOH
8	1	B-225- HOH
9	1	B-226- HOH
10	1	C-226- HOH
11	1	D-219- HOH
12	1	D-228- HOH
13	1	D-235- HOH
14	1	D-236- HOH
15	1	E-210- HOH
16	1	E-215- HOH
17	1	E-221- HOH
18	1	E-222- HOH
19	1	F-213- HOH
20	1	F-217- HOH
21	1	F-221- HOH

#1: タンパク質	p26 / Acb2 分子量: 10583.947 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas phage PaP2 (ファージ) 遺伝子: orf26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PVL0
#2: 化合物	ChemComp-3AM / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate / 3'-AMP / アデノシン3′-りん酸分子量: 347.221 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium bromide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 29547 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.123 / Χ²: 1.36 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 142174

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.26-2.3	4.8	0.926	1474	0.74	0.922	0.462	1.037	1.072	99.1
2.3-2.34	5	0.86	1430	0.72	0.915	0.422	0.96	1.049	98.3
2.34-2.39	5	0.729	1450	0.77	0.933	0.355	0.813	1.021	98.8
2.39-2.43	5.1	0.647	1454	0.799	0.943	0.312	0.72	1.033	98.9
2.43-2.49	5.1	0.486	1494	0.88	0.967	0.235	0.541	1.025	99.2
2.49-2.55	4.9	0.461	1465	0.88	0.968	0.227	0.515	1.013	99.1
2.55-2.61	4.9	0.415	1447	0.901	0.974	0.206	0.465	0.99	99.2
2.61-2.68	4.7	0.333	1495	0.909	0.976	0.17	0.375	1.09	99
2.68-2.76	4.5	0.28	1431	0.933	0.982	0.147	0.318	1.055	99.3
2.76-2.85	5.1	0.228	1491	0.963	0.99	0.111	0.254	1.107	99.5
2.85-2.95	5	0.198	1491	0.98	0.995	0.096	0.22	1.199	99.5
2.95-3.07	4.9	0.153	1468	0.982	0.995	0.076	0.171	1.23	99.3
3.07-3.21	4.8	0.119	1482	0.989	0.997	0.061	0.134	1.299	99.2
3.21-3.38	4.6	0.09	1483	0.991	0.998	0.047	0.102	1.479	99
3.38-3.59	5.1	0.084	1478	0.995	0.999	0.041	0.093	1.628	99
3.59-3.86	5	0.062	1486	0.996	0.999	0.031	0.07	1.852	99
3.86-4.25	4.7	0.05	1493	0.998	0.999	0.026	0.057	1.935	98.3
4.25-4.87	4.3	0.046	1484	0.997	0.999	0.025	0.052	2.117	97.5
4.87-6.13	4.6	0.049	1501	0.997	0.999	0.025	0.056	2.026	97.9
6.13-50	4.2	0.037	1550	0.999	1	0.019	0.042	2.217	95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.26→31.77 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2583	1478	5.01 %
R_work	0.2147	-	-
obs	0.2169	29484	98.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→31.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4804	0	0	183	4987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	4950
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.357	6732
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.004	798
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.178	714
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.027	822

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.26-2.34	0.3606	124	0.2535	2373	X-RAY DIFFRACTION	93
2.34-2.42	0.2704	132	0.2436	2527	X-RAY DIFFRACTION	98
2.42-2.52	0.3288	135	0.2243	2553	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.63	0.3084	130	0.2328	2520	X-RAY DIFFRACTION	99
2.63-2.77	0.2812	137	0.2252	2538	X-RAY DIFFRACTION	99
2.77-2.94	0.2649	135	0.232	2543	X-RAY DIFFRACTION	99
2.94-3.17	0.2703	130	0.2207	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
3.17-3.49	0.2582	135	0.2022	2567	X-RAY DIFFRACTION	99
3.49-3.99	0.2365	140	0.1863	2578	X-RAY DIFFRACTION	99
4-5.03	0.2253	133	0.1975	2577	X-RAY DIFFRACTION	98
5.03-31.77	0.2457	147	0.2307	2644	X-RAY DIFFRACTION	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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