PDB-8ixz: Structure of Acb2 complexed with 3',2'-cGAMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ixz

タイトル

Structure of Acb2 complexed with 3',2'-cGAMP

要素

p26

キーワード

VIRAL PROTEIN / anti-CBASS protein

機能・相同性

3'2'-cGAMP / p26

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage PaP2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Cao, X.L. / Xiao, Y. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Phage anti-CBASS protein simultaneously sequesters cyclic trinucleotides and dinucleotides.
著者: Cao, X. / Xiao, Y. / Huiting, E. / Cao, X. / Li, D. / Ren, J. / Fedorova, I. / Wang, H. / Guan, L. / Wang, Y. / Li, L. / Bondy-Denomy, J. / Feng, Y.

履歴

登録	2023年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ixz.cif.gz	126.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ixz.ent.gz	101.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ixz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ixz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ixz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iy0C 8iy1C 8iy2C 8j8oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: p26

B: p26

C: p26

D: p26

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

66.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

A: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
67.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_556	x-y,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	-x,-x+y,-z+1	1

2

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

B: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	x-y,-y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	-x,-x+y,-z	1

3

C: p26

D: p26

ヘテロ分子

C: p26

D: p26

ヘテロ分子

C: p26

D: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

E: p26

F: p26

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.045, 104.045, 101.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-224- HOH

#1: タンパク質	p26 / Acb2 分子量: 10583.947 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas phage PaP2 (ファージ) 遺伝子: orf26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PVL0
#2: 化合物	ChemComp-4UR / 3'2'-cGAMP / 2-amino-9-[(2S,5R,7R,8R,10R,12aR,14R,15R,15aS,16R)-7-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2,10,15,16-tetrahydroxy-2,10-dioxidooctahydro-12H-5,8-methanofuro[3,2-l][1,3,6,9,11,2,10]pentaoxadiphosphacyclotetradecin-14-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one 分子量: 674.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium bromide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 27614 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.6 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 1.505 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.32-2.36	13.1	0.584	1352	0.975	0.994	0.165	0.608	0.962	100
2.36-2.4	14.8	0.541	1372	0.982	0.995	0.145	0.56	0.955	100
2.4-2.45	16.4	0.46	1357	0.987	0.997	0.117	0.475	0.97	100
2.45-2.5	17.7	0.407	1369	0.991	0.998	0.099	0.419	1.008	100
2.5-2.55	19.1	0.429	1343	0.988	0.997	0.1	0.441	0.97	100
2.55-2.61	18.9	0.364	1370	0.99	0.998	0.085	0.374	1.021	100
2.61-2.68	17.6	0.314	1367	0.994	0.999	0.077	0.324	1.22	100
2.68-2.75	18.5	0.277	1356	0.994	0.998	0.066	0.284	1.123	100
2.75-2.83	18.8	0.219	1382	0.997	0.999	0.052	0.226	1.111	100
2.83-2.92	18	0.181	1342	0.997	0.999	0.044	0.186	1.131	100
2.92-3.03	18.6	0.141	1391	0.998	1	0.033	0.145	1.243	99.9
3.03-3.15	18.9	0.123	1394	0.999	1	0.029	0.126	1.309	100
3.15-3.29	17.5	0.103	1348	0.998	1	0.025	0.107	1.528	100
3.29-3.47	18.8	0.091	1393	0.999	1	0.022	0.093	1.689	100
3.47-3.68	17.6	0.076	1378	0.999	1	0.019	0.079	1.902	100
3.68-3.97	18.5	0.058	1385	1	1	0.014	0.059	2.093	99.9
3.97-4.37	17.9	0.052	1394	0.999	1	0.013	0.054	2.339	100
4.37-5	17.9	0.047	1411	1	1	0.011	0.049	2.321	100
5-6.29	17.7	0.05	1410	0.999	1	0.012	0.051	2.373	100
6.29-50	16.5	0.04	1500	0.998	1	0.01	0.041	2.521	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.33→28.79 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2738	1370	4.99 %
R_work	0.2307	-	-
obs	0.2328	27455	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→28.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4400	0	180	73	4653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	4762
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.484	6450
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.665	847
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	697
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.032	805

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.33-2.41	0.3266	125	0.2741	2539	X-RAY DIFFRACTION	98
2.41-2.51	0.3067	134	0.2444	2555	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.62	0.3429	138	0.2681	2571	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-2.76	0.32	135	0.2574	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
2.76-2.93	0.3692	137	0.2889	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.16	0.2708	138	0.2426	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.47	0.2968	139	0.2545	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.98	0.3079	139	0.2187	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-5	0.2137	139	0.2091	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
5-28.79	0.2304	146	0.2024	2759	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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