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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ixx | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex with Ertapenem | ||||||||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Beta-lactamase / Carbapenem / Antimicrobial resistance / Ertapenem | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bhattacharya, S. / Hazra, S. | ||||||||||||
資金援助 | インド, 3件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex with Ertapenem 著者: Bhattacharya, S. / Hazra, S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ixx.cif.gz | 120.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ixx.ent.gz | 89.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ixx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ixx_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ixx_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ixx_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ixx_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ixx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ixx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31966.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: blaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01166, beta-lactamase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-1RG / ( | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 % / 解説: Single crystal, cubic in nature |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 2.0 M Ammonium phosphate monobasic PH範囲: 7.0-9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月17日 / 詳細: X ray optics | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→24.663 Å / Num. obs: 31443 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 7.4 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→24.663 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.43 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.766 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.663 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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