PDB-8ixx: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ixx

タイトル

Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex with Ertapenem

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Beta-lactamase / Carbapenem / Antimicrobial resistance / Ertapenem

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Bhattacharya, S. / Hazra, S.

資金援助

インド, 3件

組織	認可番号	国
Indian Council of Medical Research	5/3/8/17/GIA-ITR	インド
Indian Council of Medical Research	BIC/12(15)/2014,	インド
Science and Engineering Research Board (SERB)	YSS/2014/000492	インド

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex with Ertapenem
著者: Bhattacharya, S. / Hazra, S.

履歴

登録	2023年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ixx.cif.gz	120.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ixx.ent.gz	89.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ixx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ixx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ixx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.743, 72.818, 43.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.776, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-559- HOH
2	1	A-562- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Penicillinase 分子量: 31966.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: blaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01166, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-1RG / (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / ERTAPENEM, bound form PRE-ISOMERIZED 分子量: 477.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇N₃O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 % / 解説: Single crystal, cubic in nature
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 2.0 M Ammonium phosphate monobasic PH範囲: 7.0-9.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月17日 / 詳細: X ray optics

放射

モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→24.663 Å / Num. obs: 31443 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.078 / R_rim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-24.65	4.4	0.078	209	0.978	0.057	0.098
1.7-1.73	4	0.523	1678	0.809	0.418	0.674

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
CrysalisPro		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→24.663 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 2.43 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	1608	5.115 %
R_work	0.185	29832	-
all	0.187	-	-
obs	-	31440	99.791 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.766 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.038 Å²	-0 Å²	0.47 Å²
2-	-	-1.071 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.663 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2004	0	48	216	2268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.652	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.533	1.57	4588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.731	5	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.411	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.595	10	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.575	10	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.02	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.669	1.782	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.668	1.784	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.363	3.191	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.361	3.19	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.807	2.221	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.709	2.166	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.247	3.934	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.14	3.839	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.315	22.247	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.81	21.651	2378

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.281	114	0.274	2194	0.274	2310	0.937	0.939	99.9134	0.276
1.744-1.792	0.264	121	0.252	2099	0.253	2220	0.951	0.952	100	0.249
1.792-1.843	0.251	106	0.222	2119	0.224	2225	0.958	0.963	100	0.217
1.843-1.9	0.249	116	0.199	2022	0.202	2138	0.965	0.971	100	0.194
1.9-1.961	0.241	108	0.194	1927	0.197	2035	0.96	0.973	100	0.189
1.961-2.03	0.228	90	0.186	1913	0.188	2003	0.966	0.976	100	0.179
2.03-2.106	0.202	105	0.181	1830	0.182	1935	0.969	0.979	100	0.176
2.106-2.191	0.201	97	0.175	1763	0.177	1860	0.972	0.98	100	0.172
2.191-2.288	0.204	84	0.17	1684	0.171	1768	0.975	0.981	100	0.167
2.288-2.399	0.203	97	0.159	1606	0.161	1703	0.972	0.983	100	0.159
2.399-2.527	0.154	76	0.153	1556	0.153	1634	0.981	0.984	99.8776	0.155
2.527-2.678	0.214	73	0.17	1459	0.172	1533	0.971	0.98	99.9348	0.175
2.678-2.861	0.234	68	0.184	1365	0.187	1433	0.964	0.978	100	0.191
2.861-3.087	0.21	75	0.184	1284	0.185	1360	0.974	0.977	99.9265	0.193
3.087-3.376	0.249	70	0.194	1182	0.197	1257	0.951	0.974	99.6022	0.208
3.376-3.766	0.232	55	0.18	1058	0.182	1120	0.968	0.979	99.375	0.201
3.766-4.332	0.213	52	0.174	948	0.176	1004	0.97	0.979	99.6016	0.191
4.332-5.265	0.201	51	0.166	802	0.168	863	0.977	0.982	98.8412	0.185
5.265-7.281	0.204	34	0.21	644	0.21	685	0.973	0.975	98.9781	0.233
7.281-24.663	0.195	16	0.19	377	0.19	409	0.973	0.973	96.088	0.222

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関連情報:EMDBヘッダ

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