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- PDB-8ixs: Methyl and Fluorine Effects in Novel Orally Bioavailable Keap1/Nr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ixs
タイトルMethyl and Fluorine Effects in Novel Orally Bioavailable Keap1/Nrf2 PPI Inhibitor for Treatment of Chronic Kidney Disease
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / chronic kidney disease (CKD) / Keap1 / Nrf2 / non-covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / disordered domain specific binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T6I / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Nomura, A. / Yamaguchi, K. / Adachi, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Methyl and Fluorine Effects in Novel Orally Bioavailable Keap1-Nrf2 PPI Inhibitor.
著者: Otake, K. / Ubukata, M. / Nagahashi, N. / Ogawa, N. / Hantani, Y. / Hantani, R. / Adachi, T. / Nomura, A. / Yamaguchi, K. / Maekawa, M. / Mamada, H. / Motomura, T. / Sato, M. / Harada, K.
履歴
登録2023年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6908
ポリマ－34,7301
非ポリマー9607
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.589, 103.589, 55.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 34730.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物 ChemComp-T6I / (2R,3S)-3-[[(2S)-2-fluoranyl-2-(5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)ethanoyl]amino]-2-methyl-3-(4-methylphenyl)propanoic acid


分子量: 383.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26FNO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 6-10mg/mL and crystallized with the solution with 0.1M Na acetate (pH5.0) and 1.5M di-ammonium sulfate or the solution with 0.1M Na acetate (pH5.0), 1.5M di-ammonium, and 0.1-0.15M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→89.71 Å / Num. obs: 56260 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 29.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 1.48→1.52 Å / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.913 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 3884 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.193 / Rrim(I) all: 0.935 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→89.71 Å / SU ML: 0.1522 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.5353
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1905 2840 5.05 %
Rwork0.1641 53380 -
obs0.1654 56220 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→89.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2251 0 58 426 2735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00222411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59183297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0757343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049433
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5895859
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.50.29391140.25062458X-RAY DIFFRACTION90.69
1.5-1.530.2241480.2172642X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.560.18391650.19252639X-RAY DIFFRACTION99.96
1.56-1.590.21391440.17312667X-RAY DIFFRACTION99.93
1.59-1.630.20121380.17032679X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.670.1871540.15982633X-RAY DIFFRACTION99.86
1.67-1.710.19091330.16022680X-RAY DIFFRACTION99.93
1.71-1.750.1851310.15952679X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.80.17111330.16052684X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.860.2061530.16782658X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.930.19591390.17282679X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.010.17841350.15442670X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.10.17811380.15582688X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.210.16761570.15462685X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.350.18741470.15852682X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.530.20651420.16932674X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.780.1981530.17172675X-RAY DIFFRACTION100
2.78-3.190.18811450.16592702X-RAY DIFFRACTION100
3.19-4.010.17681390.15292713X-RAY DIFFRACTION100
4.01-89.710.19781320.16092793X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.045 Å / Origin y: 61.625 Å / Origin z: 38.401 Å
111213212223313233
T-0.0716383261818 Å20.032357442061 Å2-0.0911272665609 Å2--0.0448006936634 Å20.0182858338164 Å2---0.178476922031 Å2
L2.60577166746 °2-0.094773468482 °2-0.719623477492 °2-4.63636237175 °2-0.00854363292288 °2--1.97571799743 °2
S-0.016797422812 Å °0.023058618275 Å °0.0109915058043 Å °0.101897618434 Å °0.0327367073543 Å °0.402962146454 Å °0.0343304379133 Å °-0.138007683446 Å °0.019568940732 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 321:613 OR RESID 701:701 ) )A321 - 613
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 321:613 OR RESID 701:701 ) )A701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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