PDB-8ix8: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ix8

タイトル

Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex with Tebipenem

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Beta-lactamase / Hydrolase / Antimicrobial resistance / Tebipenem

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bhattacharya, S. / Hazra, S.

資金援助

インド, 3件

組織	認可番号	国
Indian Council of Medical Research	5/3/8/17/GIA-ITR	インド
Indian Council of Medical Research	BIC/12(15)/2014	インド
Science and Engineering Research Board (SERB)	YSS/2014/000492	インド

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA WT - complex with Tebipenem
著者: Bhattacharya, S. / Hazra, S.

履歴

登録	2023年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ix8.cif.gz	121.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ix8.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ix8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ix8_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ix8_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8ix8_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	8ix8_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ix8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/8ix8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.342, 72.182, 43.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.087, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Penicillinase 分子量: 31966.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: blaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01166, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-TEB / (4R,5S)-3-(1-(4,5-dihydrothiazol-2-yl)azetidin-3-ylthio)-5-((2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl)-4-methyl-4,5- dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Tebipenem (open form) 分子量: 385.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₃N₃O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.39 % / 解説: Crystal morphology is cubic in nature
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 2.0 M Ammonium phosphate monobasic PH範囲: 7.0-9.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月23日 / 詳細: X ray optics

放射

モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→27.92 Å / Num. obs: 44966 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
1.53-27.92	14	0.047	284	0.999	0.016	0.05
1.5-1.53	9.2	1.003	2227	0.657	0.512	1.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング
CrysalisPro		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→24.597 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 1.343 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2013	2244	4.992 %
R_work	0.1673	42707	-
all	0.169	-	-
obs	-	44951	99.896 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.192 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.177 Å²	-0 Å²	0.065 Å²
2-	-	-0.555 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.622 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.597 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2017	0	40	279	2336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.902	1.653	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.6	1.571	4621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.34	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.245	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.898	10	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.073	10	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.388	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.259	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.463	1.246	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.459	1.246	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.168	2.233	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.167	2.236	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.207	1.695	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.029	1.644	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.845	2.952	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.651	2.853	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.881	20.068	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.559	16.791	2425

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.243	196	0.241	3123	0.242	3321	0.957	0.957	99.9398	0.231
1.539-1.581	0.261	147	0.223	3036	0.224	3186	0.952	0.965	99.9058	0.208
1.581-1.626	0.231	160	0.21	2981	0.211	3144	0.963	0.969	99.9046	0.195
1.626-1.676	0.249	158	0.2	2909	0.203	3067	0.956	0.973	100	0.183
1.676-1.731	0.219	139	0.187	2779	0.189	2919	0.966	0.977	99.9657	0.171
1.731-1.791	0.219	128	0.178	2734	0.18	2866	0.966	0.978	99.8604	0.161
1.791-1.859	0.187	135	0.163	2595	0.164	2732	0.979	0.982	99.9268	0.148
1.859-1.934	0.204	127	0.169	2567	0.171	2694	0.973	0.981	100	0.155
1.934-2.02	0.209	121	0.167	2412	0.169	2533	0.972	0.981	100	0.156
2.02-2.117	0.191	141	0.152	2282	0.154	2423	0.976	0.985	100	0.144
2.117-2.231	0.191	109	0.151	2222	0.153	2332	0.979	0.985	99.9571	0.146
2.231-2.365	0.193	132	0.142	2057	0.145	2189	0.976	0.987	100	0.139
2.365-2.527	0.179	110	0.142	1970	0.144	2082	0.98	0.987	99.9039	0.143
2.527-2.727	0.188	76	0.156	1844	0.157	1921	0.978	0.984	99.9479	0.157
2.727-2.983	0.237	93	0.162	1668	0.166	1766	0.967	0.983	99.7169	0.166
2.983-3.329	0.165	86	0.155	1541	0.155	1630	0.979	0.985	99.816	0.164
3.329-3.833	0.194	64	0.149	1363	0.151	1427	0.982	0.986	100	0.164
3.833-4.666	0.152	55	0.148	1161	0.149	1219	0.983	0.986	99.7539	0.166
4.666-6.483	0.221	43	0.193	916	0.194	963	0.977	0.979	99.5846	0.217
6.483-24.597	0.227	24	0.196	546	0.198	573	0.968	0.973	99.4764	0.223

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