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- PDB-8ix7: Functional significance of serine 13 in the active site of rice P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ix7
タイトルFunctional significance of serine 13 in the active site of rice Phi-class glutathione S-transferase F3.
要素glutathione transferase
キーワードPLANT PROTEIN / glutathion-S-transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


response to chemical / glutathione transferase / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferases Phi, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. indica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lee, W.C. / Kong, K.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1D1A1B07043467 韓国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Functional significance of serine 13 in the active site of rice Phi-class glutathione S-transferase F3.
著者: Im, J.K. / Lee, W.C. / Kong, J. / Jo, H.J. / Kong, K.H.
履歴
登録2023年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glutathione transferase
B: glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0754
ポリマ－49,4612
非ポリマー6152
水7,584421
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.960, 48.120, 80.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 glutathione transferase / glutathione S-transferase F3


分子量: 24730.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. indica (イネ) / 遺伝子: Plk1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2XC69
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 % / Mosaicity: 0.9 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M sodium acetate, 0.1M Tris HCl, 30 % (w/v) polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→78.484 Å / Num. all: 45629 / Num. obs: 45629 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.086 / Rsym value: 0.073 / Net I/av σ(I): 6.683 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 162265
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRsym value% possible all
1.7-1.792.80.3791.962360.2770.37993.5
1.79-1.93.60.2932.563010.1790.293100
1.9-2.033.70.1774.260030.1080.177100
2.03-2.193.70.1176.355410.0710.117100
2.19-2.43.70.0878.251580.0530.087100
2.4-2.693.70.06810.246420.0410.068100
2.69-3.13.70.05810.941160.0350.058100
3.1-3.83.70.0571034880.0340.057100
3.8-5.383.60.04511.827200.0280.04599.8
5.38-50.1623.40.05211.114240.0330.05292.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
DENZO3.3.20データ削減
MOLREP位相決定
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BX9

1bx9


解像度: 1.7→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 2313 5 %
Rwork0.181 43302 -
obs-45615 98.7 %
溶媒の処理Bsol: 49.9894 Å2
原子変位パラメータBiso max: 67.96 Å2 / Biso mean: 21.9382 Å2 / Biso min: 8.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.967 Å20 Å2-4.455 Å2
2---1.7 Å2-0 Å2
3---2.668 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3426 0 40 421 3887
Biso mean--36.36 33.58 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.204
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1962
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3162.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.760.30461770.27533969414690.3
1.76-1.830.27982390.24424278451799.1
1.83-1.910.23092380.204843744612100
1.91-2.020.1922100.178543734583100
2.02-2.140.20742330.180243684601100
2.14-2.310.20732260.168943924618100
2.31-2.540.16772450.161143884633100
2.54-2.910.23042600.187343454605100
2.91-3.660.20022510.172944194670100
3.66-500.19282340.16944396463097.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6GTT.parGTT.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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