PDB-8iwv: Crystal structure of BlaA-1 APO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iwv

タイトル

Crystal structure of BlaA-1 APO

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Beta-lactamase / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bhattacharya, S. / Hazra, S.

資金援助

インド, 3件

組織	認可番号	国
Indian Council of Medical Research	5/3/8/17/GIA-ITR	インド
Indian Council of Medical Research	BIC/12(15)/2014	インド
Science and Engineering Research Board (SERB)	YSS/2014/000492	インド

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of BlaA-1 APO
著者: Bhattacharya, S. / Hazra, S.

履歴

登録	2023年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iwv.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iwv.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iwv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iwv_validation.pdf.gz	997.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iwv_full_validation.pdf.gz	998.3 KB	表示
XML形式データ	8iwv_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	8iwv_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iwv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.450, 72.647, 43.887
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.302, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Penicillinase 分子量: 31966.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: blaA / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01166, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24631381 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2776413 % / 解説: Crystal quality is good, generally cubic in shape.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 2.0 M Ammonium phosphate monobasic PH範囲: 7.0-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K Ambient temp details: Oxford cryosystem, continuous flow of nitrogen gas Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541838 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月29日 / 詳細: X ray optics
放射	モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.541838 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→28.16 Å / Num. obs: 11023 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.284 / Num. unique obs: 11023 / CC_1/2: 0.973 / R_pim(I) all: 0.155 / R_rim(I) all: 0.326 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless		データスケーリング
CrysalisPro		データ収集
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→28.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 8.732 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.451 / ESU R Free: 0.264 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	567	5.144 %
R_work	0.1574	10455	-
all	0.161	-	-
obs	-	11022	99.828 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.945 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.457 Å²	0 Å²	1.879 Å²
2-	-	-2.379 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.335 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1992	0	10	210	2212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.427	1.644	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.467	1.57	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.619	5	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.902	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.27	10	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.104	10	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	472
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.072	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.817	2.335	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.817	2.335	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.817	4.187	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.816	4.19	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.652	2.665	996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.541	2.644	989
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.377	4.752	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.201	4.708	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.448	26.392	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.148	25.28	2364

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.363	37	0.217	753	X-RAY DIFFRACTION	99.8736
2.462-2.529	0.247	32	0.195	752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-8.98	0.312	5	0.149	143	X-RAY DIFFRACTION	96.1039
2.529-2.602	0.311	42	0.202	740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.602-2.681	0.238	46	0.183	684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-2.768	0.306	25	0.191	700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.768-2.864	0.328	42	0.179	653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-2.971	0.291	30	0.165	644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.971-3.091	0.276	39	0.166	617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.091-3.227	0.184	30	0.168	584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.382	0.315	22	0.163	593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.382-3.562	0.228	30	0.151	529	X-RAY DIFFRACTION	99.8214
3.562-3.774	0.154	29	0.148	503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.774-4.03	0.213	27	0.129	482	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.345	0.177	20	0.118	453	X-RAY DIFFRACTION	99.5789
4.345-4.749	0.205	20	0.12	413	X-RAY DIFFRACTION	99.7696
4.749-5.291	0.194	30	0.133	375	X-RAY DIFFRACTION	100
5.291-6.073	0.229	29	0.163	323	X-RAY DIFFRACTION	100
6.073-7.353	0.246	19	0.146	286	X-RAY DIFFRACTION	100
7.353-10.062	0.1	13	0.098	228	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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