PDB-8iwi: Cryogenic Temperature Crystal Structure of Escherichia coli CyaY ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iwi

タイトル

Cryogenic Temperature Crystal Structure of Escherichia coli CyaY protein at pH 5

要素

Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CyaY / Escherichia coli / Frataxin

機能・相同性

機能・相同性情報

iron-sulfur cluster assembly / ferric iron binding / ferrous iron binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Shafiei, A. / DeMirci, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryogenic Temperature Crystal Structure of Escherichia coli CyaY protein at pH 5
著者: Shafiei, A. / DeMirci, H.

履歴

登録	2023年3月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iwi.cif.gz	63.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iwi.ent.gz	45.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iwi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iwi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.290, 44.290, 99.017
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-377- HOH
2	1	A-393- HOH

#1: タンパク質	Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY 分子量: 12242.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cyaY / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SKF0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 3.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M citrate(pH 5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→22.15 Å / Num. obs: 28426 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 9.9 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.37
反射シェル	解像度: 1.3→1.346 Å / Num. unique obs: 2765 / CC_1/2: 0.393

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1	精密化
CrysalisPro	1.171.42.35a	データ削減
CrysalisPro	1.171.42.35a	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→22.15 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2148	2015	7.09 %
R_work	0.1842	-	-
obs	0.1863	28425	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→22.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	863	0	0	195	1058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.235
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.285	118
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.114	128
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	167

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.33	0.2957	139	0.3056	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.37	0.3054	135	0.2928	1825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.41	0.2998	142	0.2667	1866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.45	0.2971	142	0.2546	1837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.51	0.2597	147	0.2368	1890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.57	0.2095	141	0.2149	1855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.64	0.2649	144	0.2066	1864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.72	0.2381	143	0.1969	1876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.83	0.2102	144	0.1898	1888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.97	0.2107	138	0.1694	1875	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.17	0.2178	148	0.1679	1896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.49	0.1989	145	0.1624	1905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-3.13	0.2083	148	0.1699	1955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-22.15	0.1762	159	0.1557	2034	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3235	1.0346	3.2184	3.7302	1.483	4.8505	0.0579	0.162	-0.047	-0.0204	-0.0023	-0.1205	0.0587	0.2227	-0.0864	0.0956	0.0089	0.0123	0.0702	0.0089	0.1344	-16.8756	-4.7266	-16.255
2	1.7093	1.5677	1.2317	3.3307	1.6469	2.5589	0.2539	-0.113	-0.2204	0.371	-0.0545	-0.3609	0.2313	0.0457	-0.1759	0.134	-0.0053	-0.0305	0.0855	0.004	0.1204	-15.9887	3.9454	-1.8702
3	1.5302	0.3553	1.067	1.7445	1.2232	4.5671	0.0565	-0.0088	0.0006	-0.0468	-0.0988	0.067	0.0058	-0.1947	0.055	0.0515	0.0033	0.0056	0.0599	0.0061	0.0828	-21.9885	7.7893	-12.8341
4	6.2415	-1.6983	-0.5946	5.2975	1.0771	6.9743	-0.0667	0.5047	-0.4445	-0.2999	-0.0793	-0.3279	0.1736	0.2094	-0.0562	0.1208	-0.0142	0.0429	0.1357	-0.031	0.1656	-15.9183	5.5172	-23.141
5	2.5723	1.4221	0.8246	1.1321	1.8784	6.528	-0.1047	0.0031	-0.0578	-0.0791	0.0315	-0.0347	-0.0422	0.2513	0.0936	0.0788	-0.0044	0.0162	0.064	0.0309	0.1081	-10.8111	11.3378	-13.3646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 67 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 68 through 80 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 81 through 106 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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